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miRNA発現解析-Agilent

特徴

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたMatureなmiRNAの発現解析です。

Agilent Technologies社のmiRNAマイクロアレイはプローブのヘアピンキャップ構造によりpre/pri-miRNAなどの擬陽性のハイブリダイズを抑えmatureなmiRNAを特異的かつ高感度に検出が可能です。
組織細胞由来のTotalRNAはもちろんのこと血清や血漿の培養上清中のmiRNAやexosome由来のmiRNAについても解析が可能です。各miRNAにつき1~4種類のプローブデザインされており、10~20プローブ繰り返しスポットされているデータ信頼度の高いアレイ設計になっております。

アレイは1枚のスライドに最大8サンプルを処理できる仕様になっています。

対応生物種はヒト・マウス・ラットとなっております。

エクソソーム由来 miRNA 解析

サービス概要

1. サンプルのクオリティチェック

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2. miRNAの3’末端のラベル化

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3. マイクロアレイ実験

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4. データ解析

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. total RNAからターゲットであるmiRNAの3’末端に直接ラベル化(蛍光標識)を行います。
  3. ハイブリダイゼーションを行い洗浄後、スキャナーにより蛍光検出をおこない蛍光強度を数値化してmiRNA発現解析をおこないます。

データ解析

  • 1. 生データ
    • 2.正規化
      • 3.発現変動miRNAの抽出
        • 4.miRNAの標的遺伝子予測
          • 5.予測された標的遺伝子
            GO解析
          • 6.予測された標的遺伝子の
            Pathway解析

Feature Extractionで得られたマイクロアレイのデータを解析ソフトウェアGeneSpring GXで解析いたします。
発現変動のみられるmiRNAをFold Change比較やT検定、クラスター解析などにより抽出します。
さらに、miRNAが標的とする遺伝子をTargetScanにより予測します。

ターゲットスキャン
miRNAの標的遺伝子の予測プログラムです。
GeneSpring GXのターゲットスキャンツールで、既知のmiRNA-mRNA結合モデルを元に、他のmiRNAがターゲットとする遺伝子の予測を行います。
また、miRNA解析と遺伝子発現解析を同時にご依頼いただいている場合、 ターゲットスキャンによりmiRNAデータと遺伝子発現データを連結して、納品いたします。

納品物

  • サンプルQC結果(品質検査結果)
    total RNA images / cRNA images (ゲル電気泳動波形画像)
    Sample Data(サンプル濃度情報)
  • FeatureExtraction(アレイ実験生データ)
    Raw Data(数値データ)
    Image(アレイ画像)
    QCreport(アレイ実験終了品質 検査結果)
  • FeatureExtraction(アレイ実験生データ)
    正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析
  • 解説書(アレイ実験・解析の説明書)

※クラウド経由での納品または記録媒体(CD/USB/HDD)

納期

サンプルQC通過後、1か月程度。

※相乗りサービスはございません。
※スライド1枚を占有して行います。

サンプルについて

RNA 量 濃度 OD260/280 性状
total RNA
(真核・原核)
500 ng
以上
50 ng/ μ L
以上
1.5 以上 28s/18s : 1.8
以上 推奨
RIN 値 : 7 以上
total RNA
(微量サンプル)
500pg
以上
total RNA
(FFPE 由来)
100ng
以上
10ng/ μ L
以上
-
エクソソーム分画
血漿または培養上清由来※1
20ng
以上
- -

※1 miRNA 発現解析のみ

  • サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
  • 組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
  • 送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

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お問い合わせ

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