miRNA発現解析-Agilent

特徴

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたMatureなmiRNAの発現解析です。

Agilent Technologies社のmiRNAマイクロアレイはプローブのヘアピンキャップ構造によりpre/pri-miRNAなどの擬陽性のハイブリダイズを抑えmatureなmiRNAを特異的かつ高感度に検出が可能です。
組織細胞由来のTotalRNAはもちろんのこと血清や血漿の培養上清中のmiRNAやexosome由来のmiRNAについても解析が可能です。各miRNAにつき1～4種類のプローブデザインされており、10～20プローブ繰り返しスポットされているデータ信頼度の高いアレイ設計になっております。

アレイは1枚のスライドに最大8サンプルを処理できる仕様になっています。

対応生物種はヒト・マウス・ラットとなっております。

エクソソーム由来 miRNA 解析

• 血清・血漿や細胞培養上清中のエクソソーム由来のmiRNA解析が可能です。キットを用いてエクソソームを単離し、マイクロアレイや次世代シークエンサーを用いてデータを取得します。体液中のエクソソーム由来のバイオマーカー探索に限らず、培養上清を用いた細胞の品質チェックや、in vitro での検証実験などにもご利用いただいています。
• 実施例としてマイクロアレイやPCRを使ったアプリケーションノートをご用意しています。
  

  アプリケーションノート1（miRNAマイクロアレイ）　血清Exosome由来のmicroRNA発現解析
  アプリケーションノート2（miRNAマイクロアレイ）　血漿Exosome由来のmicroRNA発現解析
  アプリケーションノート3（リアルタイムPCR）　血漿Exosome由来のmicroRNA発現解析

• Agilent Technologies社で発行しているアプリケーションノートは下記からご参照いただけます。
  DNAチップ研究所は作成協力をしています。 https://www.chem-agilent.com/pdf/low_5994-1777JAJP_AN_exosomal_miRNA.pdf https://www.chem-agilent.com/pdf/5991-7468JAJP.pdf

サービス概要

1. サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
2. total RNAからターゲットであるmiRNAの3’末端に直接ラベル化（蛍光標識）を行います。
3. スキャナーにより蛍光の検出をおこない蛍光強度を数値化してmiRNA発現解析をおこないます。

データ解析

Feature Extractionで得られたマイクロアレイのデータを解析ソフトウェアGeneSpring GXで解析いたします。
発現変動のみられるmiRNAをFold Change比較やT検定、クラスター解析などにより抽出します。
さらに、miRNAが標的とする遺伝子をTargetScanにより予測します。

ターゲットスキャン
miRNAの標的遺伝子の予測プログラムです。
GeneSpring GXのターゲットスキャンツールで、既知のmiRNA-mRNA結合モデルを元に、他のmiRNAがターゲットとする遺伝子の予測を行います。
また、miRNA解析と遺伝子発現解析を同時にご依頼いただいている場合、 ターゲットスキャンによりmiRNAデータと遺伝子発現データを連結して、納品いたします。

納品物

• サンプルQC結果（品質検査結果）
  total RNA images / cRNA images (ゲル電気泳動波形画像)
  Sample Data（サンプル濃度情報）
  
• FeatureExtraction(アレイ実験生データ)
  Raw Data（数値データ）
  Image（アレイ画像）
  QCreport（アレイ実験終了品質 検査結果）
• 解析結果
  正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析
• 解説書(アレイ実験・解析の説明書)

※クラウド経由での納品または記録媒体（CD/USB/HDD）

納期

サンプルQC通過後、2か月程度(データ解析を含む場合は2.5か月程度)

※相乗りサービスはございません。
※スライド1枚を占有して行います。

サンプルについて

※1 miRNA 発現解析のみ

• サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
• 組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
• 送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。