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エクソーム解析

特徴

  • エクソーム解析はゲノムのエクソン領域のみを濃縮して解析します。
  • 効率的にエクソン上の変異 (Single Nucleotide Variant 、Short Insertion/Deletion :
    SNV (SNP)/InDel) を検出します。
  • 既知の変異だけではなく、未知の変異についても同定することができ、
    希少疾患の原因遺伝子同定に威力を発揮します。
  • 品質を問わず 10ng 以上のDNAからライブラリーの調製が可能です。
  • FFPEサンプルにも対応しています。

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック

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2.エクソン領域の濃縮 /シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンス

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4.データ解析

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. サンプルゲノムDNA を超音波によりランダムに断片化し、アダプタ・インデックスを使用してライブラリーを調製します。サンプルとオリゴRNAをハイブリダイズさせ、キャプチャされた DNA だけを濃縮、増幅してライブラリーを調製します。

    ライブラリー調製キット(Library Kit)は下記のものを取り扱っておりますが、ご希望のキットがありましたらご相談ください。


    前処理試薬

    • SureSelect Human All Exon V6(Agilent社)
    • SureSelect Human All Exon V7(Agilent社)

    ライブラリー調製試薬

    • SureSelect XT HS 試薬キット(Agilent社)

  3. illumina社の次世代シーケンサー(NovaSeq/NextSeq等)によるシーケンス解析を行います。
  4. リファレンスゲノムへのアライメントと変異検出を行います。

データ解析

  • 2 種類の解析ソフトウェア (FreeBayes および GATK-lite) によるダブルパイプライン解析
  • HapMap (dbSNP) の日本人アレル頻度情報と1000人ゲノムプロジェクトの東アジア人 (日本人+中国人) アレル頻度情報等の付加
  • 京都大学HGVD の日本人1,208名分のアレル頻度情報等の付加
  • タンパク質にインパクトを与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込み
  • アミノ酸置換変異とフレームシフト変異のタンパク質への影響予測
  • ClinVar、ExAC などの充実したアノテーション情報の付加
  • 当社取得の日本人高齢健常者を加えたエクソームデータ解析(高齢健常コントロールデータ)を加えた解析
  • 腫瘍サンプルの解析の場合、Strelka somatic variant callerによる腫瘍-正常ペアサンプルによる体細胞変異検出解析を行います。

高齢健常コントロールデータ

弊社取得の高齢健常コントロール8検体 (※) をエクソームデータに混ぜて解析を行います。
高齢健常コントロールを加えて変異検出することで、日本人に特有の変異や
シーケンシングエラーの可能性の高い変異を効果的に取り除くことが可能です。
こちら高齢健常者のエクソーム解析もご参照ください。

※採血時点において、過去1年の入院歴なし、大病の既往歴なしの70代日本人男性8名
 (現在の健康状態を保証するものではありません)

▲高齢健常コントロール2検体以上に見られるが、京都大学HGVD (1,208名の日本人のエクソームデータを収録) に見られないレア変異。日本人特有の変異の可能性もあるが、シーケンシングエラーの可能性も高いと考えられます。

実用例:ある疾患患者との変異比較

納品物

  • サンプルQC
  • bam(アライメントデータ)
  • dataQC (FastQC、MultiQC)
  • mapping_quality (マッピングのクオリティ)
  • original_fastq( FASTQ生データ)
  • trimmed_fastq (トリミング済みFASTQファイル)
  • 変異解析結果 (Excelファイル・VCFファイル)
  • 報告書・解説書 (PDFファイル)

ゲノムビューア(IGV)によるエクソーム解析結果の表示

SNV (SNP)/InDel検出結果 (エクセル)

納期

  • サンプルQC通過後2か月程度
    (データ解析を含む場合は2.5か月程度)

サンプルについて

ゲノムDNA量 濃度 OD260/280 OD260/230 性状 液量
100ng以上 10ng/μL以上 1.5 以上 1.0 以上 分解やRNAのコンタミがないこと 10μL以上
  • FFPE 由来 DNA や微量 DNA も解析可能です。お問合せください。
  • サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
  • 組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA/RNA抽出をご参照いただくか別途お問い合わせください。

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