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DNAメチル化解析-メチル化パネル解析
(QIAGEN QIAseq Targeted Methyl Panels)

DNAメチル化解析

DNAメチル化解析は次世代シーケンスにおける主要なアプリケーションのひとつです。DNAのメチル化(シトシン5位のメチル化)は、哺乳類などにおいて遺伝子発現調節に深く関わる機構であり、ヒストン修飾と並んでエピジェネティクスという大きな研究分野となっています。

メチル化パネル解析
(QIAGEN QIAseq Targeted Methyl Panels)

特徴

  • Breast Cancer (89遺伝子)、Colorectal Cancer (63遺伝子)、Immuno Oncology (68遺伝子) のパネルをご用意。カスタムパネル作製も可能
  • FFPEサンプルや循環セルフリー DNA(ccfDNA) にも対応
  • 微量サンプル (10 ng~) でも測定可能
  • 分子バーコードによる正確なメチル化解析
  • illumina社の次世代シーケンサー (MiSeq) によるシーケンス
  • QIAGEN Gene Globe Data Analysis Center (データ解析クラウド) が無償で利用できます (ユーザー登録が必要)
QIAseq Targeted Methyl Human Breast Cancer Panel
ヒト肺がんに関連した89遺伝子におけるメチル化を解析
QIAseq Targeted Methyl Human Colorectal Cancer Panel
ヒト大腸がんに関連した63遺伝子におけるメチル化を解析
QIAseq Targeted Methyl Immuno-Oncology Panel
がん免疫に関連した68遺伝子におけるメチル化を解析

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック (QC)

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2.DNAバイサルファイト変換

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3.ターゲット領域増幅&ライブラリー調製

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4.シーケンス

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5. データ解析 (オプション)

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. DNAのバイサルファイト変換を行います。バイサルファイト変換により、非メチル化シトシンはウラシル (PCR後チミン) に変換されますが、メチル化シトシンは変換されないため、メチル化を配列上の違いとして検出可能になります。

    バイサルファイト変換試薬
    EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kits (QIAGEN)

  3. ターゲット領域の増幅とシーケンスライブラリーの調製を行います。

    結果・考察
    QIAseq Targeted Methyl Panel(QIAGEN社)

  4. illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq) によるシーケンス解析を行います。
  5. リファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)と分子バーコード処理、メチル化率の算出を行います。

データ解析

  • 1.生データ (FASTQファイル)
    • 2.リファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)と
      分子バーコード処理、メチル化率の算出
      (QIAGENデータ解析クラウド)
      • 3.アノテーション付与
        • 4.CpGメチル化のTSS
          (転写開始点) プロット作成
        • 5.TSS距離での
          CpGメチル化のサンプル毎の
          ヒートマップ作成

納品物

  • original_fastq (FASTQ生データ)
  • サンプルQC結果
  • データ解析結果

※ USBメモリ等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。
※アライメントデータ (bamファイル) はクラウドでの解析上付属しません。

納期

  • サンプルQC通過後、約1.5か月 (データ解析を含む場合は約2か月)
  • 別途パネル試薬の発注に3週間ほどいただきます (正式なご注文後にパネル試薬をメーカーに発注します)

サンプルについて

DNAの種類 ゲノム
DNA量
濃度 OD260
/280
OD260
/230
性状 液量
組織・
細胞由来
DNA
2ng 0.2ng/μL
以上
1.5
以上
1.0
以上
分解やRNAの
コンタミが
ないこと
10μL
以上
FFPE由来
DNA・
ccfDNA 
20ng 2ng/μL
以上
1.5
以上
1.0
以上
RNAの
コンタミが
ないこと
10μL
以上
  • サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
  • 抽出時に使用している有機溶媒が混入していない DNA をご送付ください。
  • 抽出時に使用している有機溶媒が混入していない DNA をご送付ください。
  • DNAはRNase 処理を行い、RNA コンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
  • 組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
  • 送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

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