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遺伝子発現解析-Agilent

特徴

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析です。

Agilent Technologies社マイクロアレイは基板上に遺伝子配列特異性の高い60merのプローブを搭載し、検出感度が高く幅広いダイナミックレンジ(5桁)で検出可能であるため、低発現量の遺伝子の検出が可能かつ、検出可能な遺伝子数が多くなります。

また通常のプロトコールに加え微量サンプル(RNA量0.5ngから実験可能)やFFPEサンプルのような分解が進んだサンプルにも適した実験プロトコールのご提案も行っております。

アレイは1枚のスライドに最大8サンプルを処理できる仕様です。

ヒト・マウス・ラットをはじめ、シロイヌナズナ、線虫、イヌなど様々な生物種に対応しています。

https://www.chem-agilent.com/contents.php?id=1006162

標準カタログアレイにない生物種 (原核生物など) や、ご自身で決定された生物種のインハウス配列から解析をご希望の場合にはカスタムマイクロアレイでご対応することも可能です。

https://www.dna-chip.co.jp/service/microarray/other/index.php

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック

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2.cRNA(cDNA)の増幅ラベル化

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3.マイクロアレイ実験

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4.データ解析

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. 2total RNAからターゲットであるmRNAを選択的にとらえ増幅およびラベル化(蛍光標識)を行い調整したサンプル性状(labeled cRNA Quality check )を確認いたします。微量サンプルや分解の進んだサンプルの場合は結果をメールにてご連絡いたします。

    ※FFPE由来など分解の進んだサンプルや、total RNA量が微量サンプルの場合は、 サンプル調整はNuGEN Technologies社のRibo-SPIA® 増幅技術を採用します。
    ランダムプライマーを用いて、逆転写反応によりcDNAを合成します。 合成したcDNAを基にdscDNAを合成後ラベル化を行いハイブリダイゼーションリを行います。 ラベル化は、アジレント社のGenomic DNA Enzymatic Labeling Kitを採用しております。
  3. ハイブリダイゼーションを行い洗浄後、スキャナーにより蛍光検出をおこない蛍光強度を数値化して遺伝子解析を行います。
total rna

データ解析

  • 1. 生データ
    • 2.正規化
      • 3.発現変動遺伝子抽出
        • 4.GO解析
      • 5.Pathway解析
  • 正規化
    マイクロアレイ実験で得られた生データを、サンプル間の各遺伝子同士での比較が可能な発現値に変換します。
  • データQC
    データの傾向をつかむために階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(2解析以上の場合)。
  • 有効プローブ抽出
    実験データのうち、解析ソフトで有効判定されたものを採用し、ノイズ等と判定されたものを削除します。 また、全ての解析において実験データが得られている遺伝子を採用するなど、基準を設けて発現値が欠損している遺伝子を除去します。
  • 発現変動遺伝子抽出
    ご指定の比較に沿って、倍数変動や統計的な有意な発現変動遺伝子を抽出します。
  • GO解析
    変動遺伝子に対して特徴的なGO Termを抽出します。
  • Pathway解析
    変動遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。統計的に有意なPathwayを絞り込むことができます。

詳しい解析内容は統計解析のページをご参照ください。

  • Box-plotでは発現値に著しく偏りのあるサンプルがないか検証します。

  • 階層的クラスタリングではサンプル間の関係性を検証し、群内で傾向の異なるサンプルがないか検証します。また、サンプルの類似度比較により、どのサンプルグループの距離が近いのかを検証します。

  • PCAではサンプル間の関係性を検証し、群内で傾向の異なるサンプルがないか確認します。

納品物

  • サンプルQC結果(品質検査結果)
    total RNA images / cRNA images (ゲル電気泳動波形画像)
    Sample Data(サンプル濃度情報)
  • FeatureExtraction(アレイ実験生データ)
    RawData(数値データ)
    Image(アレイ画像)
    QCreport(アレイ実験終了品質 検査結果)
  • 解析結果
    正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析
  • 解説書(アレイ実験・解析の説明書)
    ※ クラウド経由での納品または記録媒体(CD/USB/HDD)
  • 正規化データ(エクセル)

  • GO解析結果(エクセル)

  • Pathway解析結果

納期

  • 通常サービス(スライド1枚占有)
    サンプルQC通過後、1か月程度
  • 相乗りサービス(スライド1枚をほかのお客様のサンプルとシェアして実験)
    サンプルQC通過後、約2か月(あくまでも目安です。相乗りするサンプルが見つかり次第作業を行いますため、弊社都合となります)

サンプルについて

RNA 量 濃度 OD260/280 性状
total RNA
(真核・原核)
500ng以上 50ng/ μ L
以上
1.5以上 28s/18s : 1.8 以上
推奨RIN値 : 7 以上
total RNA
(微量サンプル)
500pg以上
total RNA
(FFPE 由来)
100ng以上 10ng/ μ L
以上
-

  • サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
  • 組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
  • 送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

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