がん遺伝子パネル解析-AmpliSeq™
for illumina Cancer Hotspot Panel v2 受託サービス
特徴
- COSMIC(がん体細胞変異データベース)において、がんとの関連性が特定された50個のホットスポット領域を調べる、がん遺伝子とがん抑制遺伝子の変異約 2800箇所を対象としたターゲットリシーケンスです。
- 新鮮凍結組織等から抽出した高品質DNA 1 ngまたはパラフィン包埋(FFPE)組織等から抽出した分解が進んだ微量サンプル (10 ng~)からも解析可能です。
- クラウド解析(illumina BaceSpace)によりアリル頻度5% までの体細胞変異を検出可能です。
- 特定のターゲットまたは目的のゲノムコンテンツに最適化されたターゲットカスタムパネルもご利用できますのでご相談ください。
ABL1 | EGFR | GNAS | KRAS | PTPN11 |
AKT1 | ERBB2 | GNAQ | MET | RB1 |
ALK | ERBB4 | HNF1A | MLH1 | RET |
APC | EZH2 | HRAS | MPL | SMAD4 |
ATM | FBXW7 | IDH1 | NOTCH1 | SMARCB1 |
BRAF | FGFR1 | JAK2 | NPM1 | SMO |
CDH1 | FGFR2 | JAK3 | NRAS | SRC |
CDKN2A | FGFR3 | IDH2 | PDGFRA | STK11 |
CSF1R | FLT3 | KDR | PIK3CA | TP53 |
CTNNB1 | GNA11 | KIT | PTEN | VHL |
AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2に含まれる遺伝子(50個のがん遺伝子)
サービス概要
1.サンプルのクオリティチェック
2.シーケンスライブラリー調製
3.シーケンス
4.データ解析(オプション)
- サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
-
PCRベースのプロトコールに従ってライブラリー調製を行います。
ライブラリー調製キット
・AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2 - illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq/NextSeq500等)によるシーケンス解析を行います。
- リファレンスゲノムへのアライメントと変異検出を行います。
※illuminaのBaceSpace(有償・初回無料)をご利用いただけます。弊社でのBaceSpace解析代行も承ります。
納品物
- サンプルQC結果
- データQC結果(FastQC、MultiQC)
- 変異検出結果
- VCFファイル (変異ファイル)
- BAMファイル (アライメントデータ)
納期
- サンプルQC通過後、約1.5か月 (データ解析を含む場合は約2ヵ月)
-
別途パネル試薬の発注に3週間ほどいただきます
(正式なご注文後にパネル試薬をメーカーに発注します)
サンプルについて
ゲノムDNA量 | 濃度 | OD260 /280 |
OD260 /230 |
性状 | 液量 |
---|---|---|---|---|---|
200ng以上 (お問合せ ください) |
10ng/μL 以上 |
1.5 以上 | 1.0 以上 | 分解やRNAの コンタミがないこと |
20μL 以上 |
Contact
お問い合わせ
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