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がん遺伝子パネル解析-AmpliSeq™
for illumina Cancer Hotspot Panel v2

特徴

  • COSMIC(がん体細胞変異データベース)において、がんとの関連性が特定された50個のホットスポット領域を調べる、がん遺伝子とがん抑制遺伝子の変異約 2800箇所を対象としたターゲットリシーケンスです。
  • 新鮮凍結組織等から抽出した高品質DNA 1 ngまたはパラフィン包埋(FFPE)組織等から抽出した分解が進んだ微量サンプル (10 ng~)からも解析可能です。
  • クラウド解析(illumina BaceSpace)によりアリル頻度5% までの体細胞変異を検出可能です。
  • 特定のターゲットまたは目的のゲノムコンテンツに最適化されたターゲットカスタムパネルもご利用できますのでご相談ください。
ABL1 EGFR GNAS KRAS PTPN11
AKT1 ERBB2 GNAQ MET RB1
ALK ERBB4 HNF1A MLH1 RET
APC EZH2 HRAS MPL SMAD4
ATM FBXW7 IDH1 NOTCH1 SMARCB1
BRAF FGFR1 JAK2 NPM1 SMO
CDH1 FGFR2 JAK3 NRAS SRC
CDKN2A FGFR3 IDH2 PDGFRA STK11
CSF1R FLT3 KDR PIK3CA TP53
CTNNB1 GNA11 KIT PTEN VHL

AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2に含まれる遺伝子(50個のがん遺伝子)

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック

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2.シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンス

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4.データ解析(オプション)

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. PCRベースのプロトコールに従ってライブラリー調製を行います。
    ライブラリー調製キット
    ・AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2
  3. illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq/NextSeq500等)によるシーケンス解析を行います。
  4. リファレンスゲノムへのアライメントと変異検出を行います。

※illuminaのBaceSpace(有償・初回無料)をご利用いただけます。弊社でのBaceSpace解析代行も承ります。

納品物

  • サンプルQC結果
  • データQC結果(FastQC、MultiQC)
  • 変異検出結果
  • VCFファイル (変異ファイル)
  • BAMファイル (アライメントデータ)

納期

  • サンプルQC通過後、約1.5か月 (データ解析を含む場合は約2ヵ月)
  • 別途パネル試薬の発注に3週間ほどいただきます
    (正式なご注文後にパネル試薬をメーカーに発注します)

サンプルについて

ゲノムDNA量 濃度 OD260
/280
OD260
/230
性状 液量
200ng以上
(お問合せ
ください)
10ng/μL
以上
1.5 以上 1.0 以上 分解やRNAの
コンタミがないこと
20μL
以上
  • サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
  • FFPE サンプルから抽出したゲノムDNAの場合は400ng以上ご用意ください。
  • 抽出時に使用している有機溶媒が混入していないDNAをご送付ください。
  • DNAはRNase処理を行い、RNAのコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
  • 組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
  • 送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

Contact

お問い合わせ

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