DNAメチル化解析
-ターゲットBAS解析 (ターゲットバイサルファイトアンプリコンシーケンス)受託サービス
DNAメチル化解析
DNAメチル化解析は次世代シーケンスにおける主要なアプリケーションのひとつです。DNAのメチル化（シトシン5位のメチル化）は、哺乳類などにおいて遺伝子発現調節に深く関わる機構であり、ヒストン修飾と並んでエピジェネティクスという大きな研究分野となっています。
ターゲットBAS解析
(ターゲットバイサルファイトアンプリコンシーケンス)
特徴
- DNAのバイサルファイト変換後、ご指定のPCRプライマーでターゲット領域の増幅を行います。
- FFPEサンプルや微量DNA（1ng～） にも対応
- illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq) で一度に数十のサンプルを同時に解析することが可能です。
サービス概要
1.サンプルのクオリティチェック (QC)
2.DNAバイサルファイト変換
3.ターゲット領域増幅＆ライブラリー調製
4.シーケンス
5. データ解析 (オプション)
- サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
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DNAのバイサルファイト変換を行います。バイサルファイト変換により、非メチル化シトシンはウラシル (PCR後チミン) に変換されますが、メチル化シトシンは変換されないため、メチル化を配列上の違いとして検出可能になります。
バイサルファイト変換試薬
EZ DNA Methylation-Gold Kit (ZYMO RESEARCH) - ご指定のPCRプライマーでターゲット領域の増幅とシーケンスライブラリーの調製を行います。
- illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq) によるシーケンス解析を行います。
- リファレンスゲノムへのアライメント（マッピング）とメチル化率の算出を行います。
データ解析
1.生データ (FASTQファイル)
2.リードトリミング、リファレンスゲノムへのアライメント（マッピング）、メチル化率算出 (Bismarkツール)
3.アノテーション付与
納品物
- original_fastq (FASTQ生データ)
- trimmed_fastq (トリミング済みFASTQ)
- bam (アライメントデータ)
- サンプルQC結果
- データ解析結果
※USBメモリ等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。
納期
- サンプルQC通過後、約1.5か月 (データ解析を含む場合は約2か月)
- PCRプライマーをご提供ください。PCRプライマーを弊社で合成する場合は、別途1～2週間いただきます (配列や論文情報をお知らせください)。
サンプルについて
| DNAの種類 | ゲノム DNA量 |
濃度 | OD260 /280 |
OD260 /230 |
性状 | 液量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 組織・細胞 由来DNA |
200ng | 10ng/μL 以上 |
1.5 以上 |
1.0 以上 |
分解やRNAの コンタミが ないこと |
20μL 以上 |
| FFPE 由来DNA |
400ng | 20ng/μL 以上 |
1.5 以上 |
1.0 以上 |
RNAの コンタミが ないこと |
20μL 以上 |
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