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DNAメチル化解析
-ターゲットBAS解析 (ターゲットバイサルファイトアンプリコンシーケンス)

DNAメチル化解析

DNAメチル化解析は次世代シーケンスにおける主要なアプリケーションのひとつです。DNAのメチル化(シトシン5位のメチル化)は、哺乳類などにおいて遺伝子発現調節に深く関わる機構であり、ヒストン修飾と並んでエピジェネティクスという大きな研究分野となっています。

ターゲットBAS解析
(ターゲットバイサルファイトアンプリコンシーケンス)

特徴

  • DNAのバイサルファイト変換後、ご指定のPCRプライマーでターゲット領域の増幅を行います。
  • FFPEサンプルや微量DNA(1ng~) にも対応
  • illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq) で一度に数十のサンプルを同時に解析することが可能です。

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック (QC)

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2.DNAバイサルファイト変換

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3.ターゲット領域増幅&ライブラリー調製

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4.シーケンス

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5. データ解析 (オプション)

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. DNAのバイサルファイト変換を行います。バイサルファイト変換により、非メチル化シトシンはウラシル (PCR後チミン) に変換されますが、メチル化シトシンは変換されないため、メチル化を配列上の違いとして検出可能になります。

    バイサルファイト変換試薬
    EZ DNA Methylation-Gold Kit (ZYMO RESEARCH)

  3. ご指定のPCRプライマーでターゲット領域の増幅とシーケンスライブラリーの調製を行います。
  4. illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq) によるシーケンス解析を行います。
  5. リファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)とメチル化率の算出を行います。

データ解析

1.生データ (FASTQファイル)

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2.リードトリミング、リファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)、メチル化率算出 (Bismarkツール)

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3.アノテーション付与

納品物

  • original_fastq (FASTQ生データ)
  • trimmed_fastq (トリミング済みFASTQ)
  • bam (アライメントデータ)
  • サンプルQC結果
  • データ解析結果

※USBメモリ等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。

納期

  • サンプルQC通過後、約1.5か月 (データ解析を含む場合は約2か月)
  • PCRプライマーをご提供ください。PCRプライマーを弊社で合成する場合は、別途1~2週間いただきます (配列や論文情報をお知らせください)。

サンプルについて

DNAの種類 ゲノム
DNA量
濃度 OD260
/280
OD260
/230
性状 液量
組織・細胞
由来DNA
200ng 10ng/μL
以上
1.5
以上
1.0
以上
分解やRNAの
コンタミが
ないこと
20μL
以上
FFPE
由来DNA
400ng 20ng/μL
以上
1.5
以上
1.0
以上
RNAの
コンタミが
ないこと
20μL
以上
  • サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
  • FFPE サンプルから抽出したゲノム DNA の場合は 400ng 以上ご用意ください。
  • 抽出時に使用している有機溶媒が混入していない DNA をご送付ください。
  • DNA はRNase 処理を行い、RNA のコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
  • 組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
  • 送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

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お問い合わせ

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