1. NGS個別メニュー
2. アンプリコン（PCR増幅産物）シーケンス
3. WGS（全ゲノムシーケンス）
4. WGBS（全ゲノムバイサルファイトシーケンス）
5. MBD-Seq（DNAメチル化領域シーケンス）
6. ChIP-seq（クロマチン免疫沈降シーケンス）
7. レパトア解析
8. シングルセルRNA-Seq（シングルセルアッセイシステム ASONE Cell Picking System）
9. シングルセルRNA-Seq（10x Genomics Chromium）

次世代シーケンス解析の各工程を個別にご提供しております。
それぞれ組み合わせて頂くこともできます。

• 各種サンプルのクオリティチェック（QC）
• FFPE由来ゲノムDNAのQC（qPCR）
• シーケンスライブラリー調製
• シーケンスライブラリーのクオリティチェック
• シーケンス
• データ解析

お客様が調製されたシーケンスライブラリーをお預かりし、ライブラリーのクオリティチェック（QC）から解析までを希望される場合

シーケンスライブラリー調製を希望される場合

FFPEから抽出したgenome DNAの分解度合いをチェックするqPCRによるQCを希望される場合

特定の領域をPCRで増幅したPCR産物をお預かりします。
illuminaの次世代シーケンサーを用いて、PCR増幅産物をシーケンスして解析します。

1. PCR産物のクオリティチェック（QC）を行います。PCR産物のサイズは200bp～300bp程度を推奨しております。
2. PCR産物の両端にシーケンスアダプター付加したシーケンスライブラリーを作製します。
3. 調製したシーケンスライブラリーはQC後、illumina社の次世代シーケンサー(Miseqなど)でシーケンスします。
4. アンプリコンの全長の配列を集計します。リファレンスゲノムへのアライメント（マッピング）なども可能です。

illuminaの次世代シーケンサー（NovaSeq 6000)を用いて、解析対象サンプルのWGS （全ゲノムシーケンス）を行います。全ゲノムを対象とした変異検出解析が可能です。

1. サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
2. サンプル gDNAより、PCRフリーでシーケンスライブラリーを調製します。
3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサー(NovaSeq 6000など)でシーケンスします。
4. シーケンス後のデータは、リファレンスゲノムにアライメント（マッピング）し、一塩基置換や短い挿入欠失部位を検出します。

illuminaの次世代シーケンサー（NovaSeq 6000)を用いて、全ゲノムを解析対象としたゲノムワイドなメチル化解析、WGBS（全ゲノムバイサルファイトシーケンス）を行います。全ゲノムを対象とした、1塩基単位のメチル化率の算出が可能です。

1. サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
2. バイサルファイト処理後にシーケンスライブラリーを調製します。
3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサー(NovaSeq 6000など)でシーケンスします。
4. バイサルファイトを考慮したリファレンスゲノムへのアライメント（マッピング）し、CpGごとにメチル化率算出を行います。

illuminaの次世代シーケンサー（NextSeq500など)を用いて、メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質、抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し、回収されたDNAをシーケンスする方法です。 DNAメチル化部位をゲノムワイドに決定する上で強力なツールとなっています。

1. サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
2. メチル化DNA結合タンパク（MBD2b）を用いてメチル化DNAに特異的に結合するタンパク質、抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し、シーケンスライブラリーを調製します。
3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサーでシーケンスします。
4. リファレンスゲノムにアライメント（マッピング）し、ピーク（相互作用部位）を検出し、サンプル間の比較を行います。

サンプルQC通過後、2ヵ月程度です。
(データ解析を含む場合は2.5ヵ月程度)

送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

クロマチン免疫沈降（ChIP）後のサンプルをお預かりします。
illuminaの次世代シーケンサー（NextSeq500など)を用いて、転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出します。

1. クロマチン免疫沈降 (ChIP) サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
2. シーケンスライブラリーを調製します。
3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサーでシーケンスします。
4. リファレンスゲノムにアライメント（マッピング）し、ピーク（相互作用部位）を検出し、サンプル間の比較を行います。

サンプルQC通過後、2か月程度
(データ解析を含む場合は2.5か月程度)

クロマチン免疫沈降 (ChIP) 後のサンプルをご用意ください。
送付方法はサンプルの送り方をご確認ください。

illuminaの次世代シーケンサー(MiSeqなど）を用いて、 T/B細胞受容体（TCR/BCR）の多様性（レパトア）解析を行います。

1. サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
2. シーケンスライブラリーを調製します。
3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサー(MiSeqなど）でシーケンスします。
4. レパトアの多様性を解析します。

生細胞を一細胞ずつ分離回収できる ASONE Cell Picking System によ り単離した細胞を用いて、シングルセルRNA-Seq（RNA発現解析）を行います。

実施例のアプリケーションノートはこちらからご参照いただけます。

アズワン　次世代シークエンサーを用いたシングルセル遺伝子解析
AS ONE Cell Picking System 活用法

1. ASONE Cell Picking System により細胞の単離を行います。
2. 細胞を溶解後にcDNA合成し、シーケンスアダプターを付加したシーケンスライブラリーを調製します。
   
   ライブラリー調製キット（Library Kit）は下記のものを取り扱っております。
   ご希望のキットがありましたらご相談ください。
   
   Ovation SoLo RNA-Seq Systems（Nugen社）
3. 調製したシーケンスライブラリーはQC後、illumina社の次世代シーケンサー(NextSeq 500, NovaSeq 6000, Hiseq Xなど)でシーケンスします。
4. シーケンス後のデータは、リファレンスゲノムにアライメント（マッピング）し、発現量を定量化（正規化）し、アノテーション情報を含むExcel形式のファイルで納品します。階層的クラスタリング 、主成分分析 (PCA) 、Fold Change (およびt検定) による発現変動遺伝子抽出、など実施します。

10x Genomics社のChromiumコントローラーを用いた、シングルセルレベルの 3’RNA-seq解析（細胞集団のクラスタリング解析）です。セルバンカー等の細胞保存液で凍結した細胞をお預かりし、10x Genomeics社のCSP（認証サービスプロバイダー）を取得している提携先で実験を行います。

1. Chromiumコントローラーによる細胞懸濁液からシングルセルの単離をします。サンプルに死細胞が多い場合はFACS sortingをすることもあります。
2. シーケンスライブラリーを調製します。
3. 調製したシーケンスライブラリーはQC後、MGI社の低コスト次世代シーケンサーDNBSEQでシーケンスします。
4. データ解析は、Cell Ranger解析まで実施します。Loupe Browserで解析できるファイルを納品します。
   Loupe Browser
   https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/visualization/latest/what-is-loupe-cell-browser

PacBio社のPacBio Sequel Ⅱを用いたロングリードシーケンス受託サービスです。