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その他NGSサービス

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NGS個別メニュー

特徴

次世代シーケンス解析の各工程を個別にご提供しております。
それぞれ組み合わせて頂くこともできます。

  • 各種サンプルのクオリティチェック(QC)
  • FFPE由来ゲノムDNAのQC(qPCR)
  • シーケンスライブラリー調製
  • シーケンスライブラリーのクオリティチェック
  • シーケンス
  • データ解析

サービス概要

お客様が調製されたシーケンスライブラリーをお預かりし、ライブラリーのクオリティチェック(QC)から解析までを希望される場合

1.シーケンスライブラリーのクオリティチェック

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2.シーケンス

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3.データ解析

シーケンスライブラリー調製を希望される場合

1.サンプルのクオリティチェック

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2.シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンスライブラリーQC

FFPEから抽出したgenome DNAの分解度合いをチェックするqPCRによるQCを希望される場合

1.FFPE由来のgenome DNAのQC (qPCR)

アンプリコン(PCR増幅産物)シーケンス

特徴

特定の領域をPCRで増幅したPCR産物をお預かりします。
illuminaの次世代シーケンサーを用いて、PCR増幅産物をシーケンスして解析します。

サービス概要

1.PCR産物(アンプリコン)のクオリティチェック

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2.シーケンスライブラリー調製(シーケンスアダプター付加)

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3.シーケンス

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4.データ解析

  1. PCR産物のクオリティチェック(QC)を行います。PCR産物のサイズは200bp~300bp程度を推奨しております。
  2. PCR産物の両端にシーケンスアダプター付加したシーケンスライブラリーを作製します。
  3. 調製したシーケンスライブラリーはQC後、illumina社の次世代シーケンサー(Miseqなど)でシーケンスします。
  4. アンプリコンの全長の配列を集計します。リファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)なども可能です。

WGS(全ゲノムシーケンス)

特徴

illuminaの次世代シーケンサー(NovaSeq 6000)を用いて、解析対象サンプルのWGS (全ゲノムシーケンス)を行います。全ゲノムを対象とした変異検出解析が可能です。

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック

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2.シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンス

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4.データ解析

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. サンプル gDNAより、PCRフリーでシーケンスライブラリーを調製します。
  3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサー(NovaSeq 6000など)でシーケンスします。
  4. シーケンス後のデータは、リファレンスゲノムにアライメント(マッピング)し、一塩基置換や短い挿入欠失部位を検出します。

WGBS(全ゲノムバイサルファイトシーケンス)

特徴

illuminaの次世代シーケンサー(NovaSeq 6000)を用いて、全ゲノムを解析対象としたゲノムワイドなメチル化解析、WGBS(全ゲノムバイサルファイトシーケンス)を行います。全ゲノムを対象とした、1塩基単位のメチル化率の算出が可能です。

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック

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2.シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンス

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4.データ解析

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. バイサルファイト処理後にシーケンスライブラリーを調製します。
  3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサー(NovaSeq 6000など)でシーケンスします。
  4. バイサルファイトを考慮したリファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)し、CpGごとにメチル化率算出を行います。

MBD-Seq(DNAメチル化領域シーケンス)

特徴

illuminaの次世代シーケンサー(NextSeq500など)を用いて、メチル化DNAに特異的に結合するタンパク質、抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し、回収されたDNAをシーケンスする方法です。 DNAメチル化部位をゲノムワイドに決定する上で強力なツールとなっています。

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック

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2.シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンス

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4.データ解析

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. メチル化DNA結合タンパク(MBD2b)を用いてメチル化DNAに特異的に結合するタンパク質、抗体を用いてメチル化DNAを濃縮し、シーケンスライブラリーを調製します。
  3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサーでシーケンスします。
  4. リファレンスゲノムにアライメント(マッピング)し、ピーク(相互作用部位)を検出し、サンプル間の比較を行います。

納品物

  • ゲノムビューア(IGV)による解析結果

  • ピークおよび近傍遺伝子のアノテーション (エクセル)スコア、近傍遺伝子、転写開始点 (TSS) からの距離が含まれます。

納期

サンプルQC通過後、2ヵ月程度です。
(データ解析を含む場合は2.5ヵ月程度)

サンプルについて

ゲノムDNA量 濃度 OD260
/280
OD260
/230
性状
5μg以上 100ng/μL以上 1.5以上 1.0以上 分解が進んでいないこと

送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

ChIP-seq(クロマチン免疫沈降シーケンス)

特徴

クロマチン免疫沈降(ChIP)後のサンプルをお預かりします。
illuminaの次世代シーケンサー(NextSeq500など)を用いて、転写因子やその他のタンパク質が相互作用するDNAの特定部位を検出します。

サービス概要

1.クロマチン免疫沈降(ChIP)サンプルのクオリティチェック

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2.シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンス

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4.データ解析

  1. クロマチン免疫沈降 (ChIP) サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. シーケンスライブラリーを調製します。
  3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサーでシーケンスします。
  4. リファレンスゲノムにアライメント(マッピング)し、ピーク(相互作用部位)を検出し、サンプル間の比較を行います。

納期

サンプルQC通過後、2か月程度
(データ解析を含む場合は2.5か月程度)

サンプルについて

ChIP後dsDNA量 濃度 OD260/280 サイズ 性状
100ng 以上 200pg/μL以上 1.5以上 200~800bp 2 本鎖であること

クロマチン免疫沈降 (ChIP) 後のサンプルをご用意ください。
送付方法はサンプルの送り方をご確認ください。

レパトア解析

特徴

illuminaの次世代シーケンサー(MiSeqなど)を用いて、 T/B細胞受容体(TCR/BCR)の多様性(レパトア)解析を行います。

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック

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2.シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンス

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4.データ解析

  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. シーケンスライブラリーを調製します。
  3. 調製したシーケンスライブラリーは、illumina社の次世代シーケンサー(MiSeqなど)でシーケンスします。
  4. レパトアの多様性を解析します。

シングルセルRNA-Seq
(シングルセルアッセイシステム ASONE Cell Picking System)

特徴

生細胞を一細胞ずつ分離回収できる ASONE Cell Picking System によ り単離した細胞を用いて、シングルセルRNA-Seq(RNA発現解析)を行います。

実施例のアプリケーションノートはこちらからご参照いただけます。

アズワン 次世代シークエンサーを用いたシングルセル遺伝子解析
AS ONE Cell Picking System 活用法

サービス概要

1.細胞の単離

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2.シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンス

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4.データ解析

  1. ASONE Cell Picking System により細胞の単離を行います。
  2. 細胞を溶解後にcDNA合成し、シーケンスアダプターを付加したシーケンスライブラリーを調製します。

    ライブラリー調製キット(Library Kit)は下記のものを取り扱っております。
    ご希望のキットがありましたらご相談ください。

    Ovation SoLo RNA-Seq Systems(Nugen社)
  3. 調製したシーケンスライブラリーはQC後、illumina社の次世代シーケンサー(NextSeq 500, NovaSeq 6000, Hiseq Xなど)でシーケンスします。
  4. シーケンス後のデータは、リファレンスゲノムにアライメント(マッピング)し、発現量を定量化(正規化)し、アノテーション情報を含むExcel形式のファイルで納品します。階層的クラスタリング 、主成分分析 (PCA) 、Fold Change (およびt検定) による発現変動遺伝子抽出、など実施します。

シングルセルRNA-Seq(10x Genomics Chromium)

特徴

10x Genomics社のChromiumコントローラーを用いた、シングルセルレベルの 3’RNA-seq解析(細胞集団のクラスタリング解析)です。セルバンカー等の細胞保存液で凍結した細胞をお預かりし、10x Genomeics社のCSP(認証サービスプロバイダー)を取得している提携先で実験を行います。

サービス概要

1.サンプルのクオリティチェック・調製

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2.シーケンスライブラリー調製

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3.シーケンス

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4.データ解析

  1. Chromiumコントローラーによる細胞懸濁液からシングルセルの単離をします。サンプルに死細胞が多い場合はFACS sortingをすることもあります。
  2. シーケンスライブラリーを調製します。
  3. 調製したシーケンスライブラリーはQC後、MGI社の低コスト次世代シーケンサーDNBSEQでシーケンスします。
  4. データ解析は、Cell Ranger解析まで実施します。Loupe Browserで解析できるファイルを納品します。
    Loupe Browser
    https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/visualization/latest/what-is-loupe-cell-browser

ロングリードシーケンス(PacBio Seque Ⅱ)

特徴

PacBio社のPacBio Sequel Ⅱを用いたロングリードシーケンス受託サービスです。

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