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16S rRNA解析(細菌叢解析)

特徴

  • 糞便、皮膚、唾液などのサンプル内にどのような種類の細菌がどれだけ存在しているのか、細菌の多様性について、次世代シーケンサーを用いた手法により解析します。
  • サンプルからDNAを抽出して、リボソーム16Sサブユニット領域をPCRで増幅した後、次世代シーケンサーを用いて高速かつ大量にDNA配列を読み取ります。
  • 16S rRNA配列データベースに対する相同性解析により、菌種の帰属を行います。

サービス概要

1.DNA抽出/サンプルのクオリティチェック (QC)

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2.PCR増幅、定量

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3.シーケンス

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4.データ解析 (オプション)

  1. DNA抽出およびサンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. PCRベースのプロトコールに従って増幅します。
  3. MiSeqによるシーケンス解析を行います。
  4. データベースによる相同性検索、検体の菌叢を構成する帰属分類群の推定を行います。

データ解析

1.プライマー配列の除去、ペアエンド配列アセンブル

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2.データベースによる相同性検索、
検体の菌叢を構成する帰属分類群の推定

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3.オプション解析
α多様性解析および統計解析
β多様性解析および統計解析
ヒートマップ・クラスター分析

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4.最終結果レポートの作成

納品物

  • サンプルのクオリティチェック(QC)結果
  • シーケンスデータ(fastaファイル、 fastqファイル)
  • ドーナツグラフ(csvファイル、htmlファイル)
  • 検体間比較グラフおよび対応表(csvファイル、htmlファイル)
  • 主成分分析(csvファイル、pngファイル、htmlファイル)
  • クラスター解析結果(pngファイル)

納期

  • サンプルQC通過後、約2か月 (データ解析を含む場合は約2.5か月)

サンプルについて

検体の種類 必要量 送付方法・その他
糞便、腸内容物 採便容器
(保存液なし)
0.2~0.5g 冷凍保存
採便容器
(保存液あり)
冷蔵保存
唾液 スワブ 0.2~1mL 冷凍保存
皮膚拭取物 ご相談ください 綿棒などで広範囲を拭い、
少量のPBSなどに移し
冷蔵保存
FFPE由来組織 ご相談ください 冷蔵輸送
DNA抽出物 200ng以上 冷凍または冷蔵輸送
分解が進んでいるサンプルは
解析できない場合があります。
  • サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
  • 抽出時に使用している有機溶媒が混入していない DNA をご送付ください。
  • FFPEスライド等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
  • 送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

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