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遺伝子発現解析-GeneChip

特徴

Thermo Fisher Scientific社の遺伝子発現解析用マイクロアレイを用いた受託解析サービスです。

GeneChipTMは光リソグラフィ法による製造で高密度マイクロアレイを実現しています。DNAマイクロアレイのデファクトスタンダードとして世界中の研究者に認知されております。ハイブリダイゼーション以降の操作も自動化されているため、チップ間のデータのばらつきが抑えられ、再現性の高い解析が可能です。遺伝子発現解析用のアレイは、 GeneChip(3’IVT Expression), Clariom D Array, Clariom S Array に分けられます。いずれのアレイにおいても、1つの転写産物の検出に複数のプローブを使用しています。

生物種 製品名
ヒト GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Array
Human Gene 2.0 ST Array
Clariom S Array, Human
Clariom D Array, Human
マウス Mouse Genome 430 2.0 Array
Mouse Gene 2.0 ST Array
Clariom S Array, Mouse
Clariom D Array, Mouse
ラット Rat Genome 230 2.0 Array
Rat Gene 2.0 ST Array
Clariom S Array, Rat
Clariom D Array, Rat

1サンプル、1アレイで処理できるプラットフォームになっています。

サービス概要

  • total RNAを送付いただき、サンプルのクオリティチェック(QC) 、cDNA合成、cRNA増幅を行います。
  • ハイブリダイゼーションを行い洗浄後、スキャナーにより蛍光を検出をおこない蛍光強度を数値化して解析をおこないます。

データ解析

  • 1. 生データ
    • 2.正規化
      • 3.発現変動
        遺伝子抽出
        • 4.GO解析
      • 5.Pathway解析
  • sample

    PCAではサンプル間の関係性を検証し、群内で傾向の異なるサンプルがないか確認します。

  • sample

    階層的クラスタリングではサンプル間の関係性を検証し、群内で傾向の異なるサンプルがないか検証します。また、サンプルの類似度比較により、どのサンプルグループの距離が近いのかを検証します。

  • sample

    Box-plotでは発現値に著しく偏りのあるサンプルがないか検証します。

※ Clariom DはRawDataでの納品のみとなります。
解析はThermo Fisher Scientific社より無償でダウンロードできるThermo Fisher Scientifics社のTranscriptome Analysis Console (TAC) Softwareにて行うことができます

  • 正規化
    マイクロアレイ実験で得られた生データを、サンプル間の各遺伝子同士での比較が可能な発現値に変換します。
  • データQC
    データの傾向をつかむために階層的クラスタリングと主成分分析(PCA)を行います(2解析以上の場合)。
  • 有効プローブ抽出
    実験データのうち、解析ソフトで有効判定されたものを採用し、ノイズ等と判定されたものを削除します。 また、全ての解析において実験データが得られている遺伝子を採用するなど、基準を設けて発現値が欠損している遺伝子を除去します。
  • 発現変動遺伝子抽出
    ご指定の比較に沿って、倍数変動や統計的な優位な発現変動遺伝子を抽出します。
  • GO解析
    変動遺伝子に対して特徴的なGO Termを抽出します。
  • Pathway解析
    変動遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。さらに有意に多く含むPathwayを絞り込むことが出来ます。

詳しい解析内容は統計解析のページをご参照ください。

納品物

  • Sample QCreport(品質検査結果)
  • Raw Data(数値データ)
  • 解析結果

※ クラウド経由での納品または記録媒体(CD/DVD・USB)

納期

サンプルのクオリティチェック(QC)通過後、1.5か月程度

サンプルについて

  • サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
  • 組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
  • 送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。

Contact

お問い合わせ

受託サービス・取扱製品に関するお見積もり、ご依頼、お問い合わせは下記より担当窓口へお問い合わせください。