遺伝子発現解析-GeneChip

特徴

Thermo Fisher Scientific社の遺伝子発現解析用マイクロアレイを用いた受託解析サービスです。

GeneChip^TMは光リソグラフィ法による製造で高密度マイクロアレイを実現しています。DNAマイクロアレイのデファクトスタンダードとして世界中の研究者に認知されております。ハイブリダイゼーション以降の操作も自動化されているため、チップ間のデータのばらつきが抑えられ、再現性の高い解析が可能です。遺伝子発現解析用のアレイは、 GeneChip（3’IVT Expression）, Clariom D Array, Clariom S Array に分けられます。いずれのアレイにおいても、１つの転写産物の検出に複数のプローブを使用しています。

1サンプル、1アレイで処理できるプラットフォームになっています。

サービス概要

• total RNAを送付いただき、サンプルのクオリティチェック（QC） 、cDNA合成を行います。
• スキャナーにより蛍光の検出をおこない蛍光強度を数値化して解析をおこないます。

データ解析

※ Clariom DはRawDataでの納品のみとなります。
解析はThermo Fisher Scientific社より無償でダウンロードできるThermo Fisher Scientifics社のTranscriptome Analysis Console (TAC) Softwareにて行うことができます

• 正規化
  マイクロアレイ実験で得られた生データを、サンプル間の各遺伝子同士での比較が可能な発現値に変換します。
• データQC
  データの傾向をつかむために階層的クラスタリングと主成分分析（PCA）を行います（2解析以上の場合）。
• 有効プローブ抽出
  実験データのうち、解析ソフトで有効判定されたものを採用し、ノイズ等と判定されたものを削除します。 また、全ての解析において実験データが得られている遺伝子を採用するなど、基準を設けて発現値が欠損している遺伝子を除去します。
• 発現変動遺伝子抽出
  ご指定の比較に沿って、倍数変動や統計的な優位な発現変動遺伝子を抽出します。
• GO解析
  変動遺伝子に対して特徴的なGO Termを抽出します。
• Pathway解析
  変動遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。さらに有意に多く含むPathwayを絞り込むことが出来ます。

詳しい解析内容は統計解析のページをご参照ください。

納品物

• Sample QCreport（品質検査結果）
• Raw Data（数値データ）
• 解析結果

※ クラウド経由での納品または記録媒体（CD/DVD・USB）

納期

サンプルQC通過後、2か月程度(データ解析を含む場合は2.5か月程度)