DNAメチル化アレイ解析-illumina

ゲノムワイドに1塩基レベルでのDNAメチル化定量ができます。
サンプル間比較結果を利用することにより、マーカーの絞り込みが可能です。

Human MethylationEPIC BeadChip

国際コンソーシアムのエキスパートが選定した85万以上のメチル化サイトをターゲットにしています。
FFPEを含む複数のサンプルを並行して分析することで、低コストかつ高スループットのデータを提供します。

• CpGアイランド以外のCpG部位
• ヒト幹細胞で見られる非CpGメチル化部位（CHH部位）
• 正常細胞との比較で腫瘍中に見られる差異的メチル化部位
• FANTOM5エンハンサー
• ENCODEオープンクロマチンおよびエンハンサー
• DNase高感受性部位
• miRNAプロモーター領域

Mouse Methylation BeadChip

専門家が選択した包括的カバレッジと高いサンプルスループットが独自の形で組み合わされており、ゲノムワイドDNAメチル化研究に最適です。
28万5000箇所を超えるメチル化部位をヌクレオチド単位の解像度で調べることができます。

• CpGアイランド、翻訳開始部位
• エンハンサー
• インプリント遺伝子座 など

送付して頂いたDNAサンプルの、クオリティチェック（QC）後、バイサルファイト処理を行い、Infiniumアッセイ・スキャンニング後、メチル化レベルの定量とサンプル間の比較解析を行います。
これらの作業は、CLIA/CAP認定を受けた弊社提携先のラボにて実施されます。

• Infinium MethylationEPIC BeadChipを用いてDNAメチル化の定量解析を行います。
• GenomeStudioソフトウェアを用いてDNAメチル化レベルの定量を実施します。
  全サンプル・全マーカーのDNAメチル化レベルの定量、検体間(群間)比較、DNAメチル化レベルの差が大きいマーカーについてクラスタリングとヒートマップ作成をします。

サンプルのクオリティチェック（QC）通過後、1.5-2か月程度

マイクロアレイフォーマット	ゲノムDNA量	サンプル濃度(ng/μL)	OD260 /280	性状
Infinium MethylationEPIC BeadChip ※ 1	2000ng 以上	50ng/μL 以上	1.8－2.0	⊿Ct≦5 ※ 2

※1 バイサルファイト処理済みのサンプルも受入れ可能です（サンプルの品質評価は実施しません）。
        ZYMO RESERCH社 EZ DNA Methylation KitまたはEZ DNA Methylation-Goldを推奨
※2 FFPE由来DNAのCt値からコントロールDNAの平均Ct値を引いた値。

• サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
• 組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
• 送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。