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GO解析

GO解析は、発現変動遺伝子群やクラスター解析によりグループ化された遺伝子群など、着目した遺伝子群を対象として統計的な評価に基づき、特徴的なGO Termを抽出することができます。これにより発現値から生物学的な現象を捉えることをサポートすることが可能となります。
弊社ではGeneSpring GX付属のGO Analysisツールを用い、発現変動遺伝子リスト中に特徴的なGO Termを抽出します。

◆対応生物種
Human、Mouse、Rat など

GOカスタム解析

GOカスタム解析とは、アレイメーカーがGO情報を提供していない生物種について、公共データベースからGO情報の収集し(GOアノテーション情報作成)、GO解析を行います。

◆対応生物種
Macaca fascicularis(カニクイザル)、Bos taurus(ウシ)、Equus caballus(ウマ)、Leporidae(ウサギ)、
Saccharomyces cerevisiae(酵母)など

その他
植物、原核生物、カスタムアレイ等の特殊な生物種 など
  • ※GO解析は、マイクロアレイデータを元に解析を行います。
  • ※対象遺伝子リストに最新の公共データベースIDがある場合、各種公共データベースからGO解析情報を収集することも可能です。

Gene Ontologyとは

Gene Ontology Consortium (http://www.geneontology.org/) は、標準化された用語によって生物学的現象を記述することを目的とした機能情報に関するデータベースです。また、生物種に関係なく網羅的に生物学的現象を捉えるように設計されており、GO Termは大きく3つのサブカテゴリ (Biological Process , Cellular Component , Molecular Function) で表現されます。

GO は階層構造により成り立っています。上位の階層にある GO Term は一般的な機能表現になり、下位にある GO Term はより専門的な機能表現になります。このような階層構造を持つため、発現変動遺伝子リスト中の GO Term のみでなくその上位の GO Term についても解析対象となります。

GO解析の概念

発現変動遺伝子リスト (標本) での GO Term の割合が、実験でデータが取れた全遺伝子 (母集団) での割合に対して有意に高い割合であるかどうかを発現変動遺伝子リスト中の GO Term ごとに検定します。

・Response to stressは注目クラスター中に多く含まれていますが全遺伝子でも多く含まれており、その配分はほぼ一致しています。

・B cell mediated immunityは注目クラスター中に多く含まれていますが全遺伝子ではその割合は非常に低くなっています。

 →B cell mediated immunityのような、注目クラスターに特徴的なGO Termを取り出すことを行います。

GO解析結果サンプル

GO解析結果
抽出されたGO Termとp-value

該当GO Termをもつ遺伝子リスト
該当GO Termをもつ遺伝子の発現値とアノテーション情報

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