遺伝子発現解析-Agilent

特徴

Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析です。

Agilent Technologies社マイクロアレイは基板上に遺伝子配列特異性の高い60merのプローブを搭載し、検出感度が高く幅広いダイナミックレンジ（5桁）で検出可能であるため、低発現量の遺伝子の検出が可能かつ、検出可能な遺伝子数が多くなります。

アレイは1枚のスライドに最大8サンプルを処理できる仕様です。

ヒト・マウス・ラットをはじめ、シロイヌナズナ、線虫、イヌなど様々な生物種に対応しています。

1.サンプルのクオリティチェック

2.cRNA（cDNA）の増幅ラベル化

3.マイクロアレイ実験

4.データ解析

サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
total RNAからターゲットであるmRNAを選択的にとらえ増幅およびラベル化（蛍光標識）を行い調整したサンプル性状（labeled cRNA Quality check ）を確認いたします。
スキャナーにより蛍光の検出をおこない蛍光強度を数値化して遺伝子解析を行います。

正規化
マイクロアレイ実験で得られた生データを、サンプル間の各遺伝子同士での比較が可能な発現値に変換します。
データQC
データの傾向をつかむために階層的クラスタリングと主成分分析（PCA）を行います（6解析以上の場合）。
有効プローブ抽出
実験データのうち、解析ソフトで有効判定されたものを採用し、ノイズ等と判定されたものを削除します。また、全ての解析において実験データが得られている遺伝子を採用するなど、基準を設けて発現値が欠損している遺伝子を除去します。
発現変動遺伝子抽出
ご指定の比較に沿って、倍数変動や統計的に有意な発現変動遺伝子を抽出します。
GO解析
変動遺伝子に対して特徴的なGO Termを抽出します。
Pathway解析
変動遺伝子をPathway上にマッピングし、Pathway画像を作成します。統計的に有意なPathwayを絞り込むことができます。

詳しい解析内容は統計解析のページをご参照ください。

階層的クラスタリングではサンプル間の関係性を検証し、群内で傾向の異なるサンプルがないか検証します。また、サンプルの類似度比較により、どのサンプルグループの距離が近いのかを検証します。
PCAではサンプル間の関係性を検証し、群内で傾向の異なるサンプルがないか確認します。

サンプルQC結果（品質検査結果）
total RNA images / cRNA images (ゲル電気泳動波形画像)
Sample Data（サンプル濃度情報）
アレイ実験生データ
RawData（数値データ）
QCreport（アレイ実験終了品質検査結果）
解析結果
正規化、変動遺伝子抽出、GO解析、Pathway解析
※ データ解析はオプションです。
解説書(アレイ実験・解析の説明書)
※ クラウド経由もしくはUSBメモリ、DVD等の記憶媒体で納品します。

	RNA 量	濃度	OD260/280	性状
total RNA （真核・原核）	500ng以上	50ng/ μ L 以上	1.5以上	28s/18s : 1.8 以上推奨RIN値 : 7 以上

注意

お問い合わせ

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