サンプル送付方法

サンプル要件

核酸抽出（RNA）
核酸抽出（DNA）
遺伝子発現解析、miRNA発現解析
アレイCGH解析
RNA-Seq
低価格RNA-Seq
miRNA-Seq
がん遺伝子パネル解析
エクソーム解析
ChIP-Seq
次世代シーケンス（NGS）ライブラリ

核酸抽出（RNA）

total RNA（細胞・新鮮凍結組織・FFPE）

RNA
対象核酸	total RNA
検体の種類	細胞	新鮮凍結組織	組織 （FFPE）
検体量・ 固定化法	10^6程度の細胞を スピンダウンし、 培地成分をしっかり 取り除く	5mm角程度の組織 をRNAlater等で 安定化処理する	切片面積 100 ～ 250mm2, 5～10μm厚 程度※
送付方法	冷凍	冷凍	冷蔵
抽出方法	ThermoFisher TRIzol QIAGEN RNeasy Mini Kit QIAGEN miRNeasy Mini Kit		QIAGEN RNeasy FFPE Kit TakaraBio NucleoSpin FFPE Kit
QC 項目	吸光度 ゲル電気泳動	吸光度 ゲル電気泳動	吸光度 ゲル電気泳動

※必要なRNA量により異なります。

total RNA（全血）・cfRNA・エクソソーム RNA（血漿・血清・培養上清）

RNA
対象核酸	total RNA	cfRNA	エクソソーム RNA
検体の種類	全血	血漿・血清・ 培養上清	血漿・血清・ 培養上清
検体量・ 固定化法	PAXgeneRNA採血管で 採血後冷凍状態で送付	血漿・血清：2mL程度を 0.2μmフィルタで処理 培養上清：15mL程度を 0.2μmフィルタで処理	血漿・血清：2mL程度を 0.2μmフィルタで処理 培養上清：15mL程度を 0.2μmフィルタで処理
送付方法	冷凍	冷凍	冷凍
抽出方法	QIAGEN PAXgene Blood RNA Kit QIAGEN PAXgene Blood miRNA Kit	QIAGEN miRNeasy Serum/Plasma Kit	QIAGEN exoRNeasy Serum/Plasma Kit QIAGEN miRNeasy Micro Kit
QC 項目	吸光度 ゲル電気泳動	ゲル電気泳動	ゲル電気泳動

核酸抽出（DNA）

ゲノムDNA（細胞・新鮮凍結組織・FFPE）

DNA
対象核酸	ゲノムDNA
検体の種類	細胞	新鮮凍結組織	組織 （FFPE）
検体量・ 固定化法	10^6程度の細胞を スピンダウンし、 培地成分をしっかり 取り除く	5mm 角程度の組織	切片面積 100 ～ 250mm2, 5 ～ 10 μ m 厚 程度※
送付方法	冷凍	冷凍	冷蔵
抽出方法	QIAGEN QIAamp DNA Mini Kit		QIAGEN GeneRead DNA FFPE Kit QIAamp DNA FFPE Tissue Kit QIAGEN Allprep DNA/RNA Mini Kit
QC 項目	吸光度 ゲル電気泳動	吸光度 蛍光度 ゲル電気泳動	吸光度 蛍光度 ゲル電気泳動 qPCR

※必要なDNA量により異なります。

ゲノムDNA（全血）・cfDNA（血漿・血清）

DNA
対象核酸	ゲノムDNA	cfDNA
検体の種類	全血	血漿・血清
検体量・ 固定化法	EDTA 採血管で採血した 2mL 程度の血液	Streck Cell-Free DNA BCT
送付方法	冷凍 ただし、採血後ただちに 送付する場合のみ冷蔵可	室温
抽出方法	QIAGEN QIAamp DNA Blood Mini Kit	QIAGEN QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit
QC 項目	吸光度 蛍光度 ゲル電気泳動	蛍光度 ゲル電気泳動

遺伝子発現解析、miRNA発現解析

	RNA量	濃度	OD260/280	性状
total RNA （真核・原核）	500ng 以上	50ng/μ L 以上	1.5 以上	28s/18s:1.8以上 推奨 RIN値:7以上
エクソソーム分画 血漿または培養上清由来  ※	20ng 以上	-		-

※ miRNA発現解析のみ。

アレイCGH解析

	二本鎖ゲノムDNA量※1	OD260/OD280	性状
ゲノムDNAサンプル	2μg以上	1.8-2.0	分解が進んでいないこと

※マイクロアレイフォーマットや比較組み合わせのご要望により必要な二本鎖ゲノムDNA量が異なります。

ポイント

• DNA はRNase 処理を行い、RNA のコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
• 生物種によりマイクロアレイフォーマットが異なります。 アジレント・テクノロジーホームページをご覧ください。
  URL：http://www.chem-agilent.com/contents.php?id=494#Cat-1346

RNA-Seq

ポイント

• 有機溶媒が混入していない、カラム精製をしたtotal RNAをご送付ください。
• RNAは DNase 処理を行い、DNA のコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
• total RNAはNuclease Free Waterに溶解してください。

注意

• 国内ラボで実施の場合。提携企業先にサンプルを送付する場合はサンプル要件が異なり、より多くのRNA量を必要とします。低価格RNA-Seqサービスをご参照ください。
• サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
• 組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
• FFPE由来ではない分解サンプルは解析が難しい場合があります。

低価格RNA-Seq

ポイント

• 有機溶媒が混入していない、カラム精製をしたtotal RNAをご送付ください。
• RNAは DNase 処理を行い、DNA のコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
• total RNAはNuclease Free Waterに溶解してください。

注意

• サンプル量が上記に満たない場合はデータの保証はいたしかねます。
• 微量サンプルに対応したプランのご用意もあります。お問い合わせください。
• 組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。

miRNA-Seq

※5　抽出後にRNAが10ng以上得られると想定される量をお送りください。液量が多い場合は濃縮し液量を調整してください。

• RNA抽出の際はカラムを使用し、有機溶媒が混入しないようにしてください。
• サンプルQCにはサンプルを5µLを使用します。余裕をもってお送りください。
• RNAはDNase処理を行い、DNA のコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
• サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
• 採血の際に、使用する抗凝固剤はEDTAを使用して下さい。ヘパリンを使用した場合には、ヘパリナーゼ処理が必要となるため追加費用がかかります。
• 培養上清からエクソソームを分離して解析を行う場合、FBSフリー培地または、ウシ胎児血清由来エクソソームを除去したFBSを使用して培養していただくことをおすすめします。

がん遺伝子パネル解析
（QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels, AmpliSeq™ for illumina Cancer Hotspot Panel v2）

• FFPE サンプルから抽出したゲノム DNA の場合は 400ng 以上ご用意ください。
• 抽出時に使用している有機溶媒が混入していない DNA をご送付ください。
• DNA はRNase 処理を行い、RNA のコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。

エクソーム解析

• 有機溶媒が混入していない、カラム精製をしたDNA をご送付ください。
• DNA はRNase 処理を行い、RNA のコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。

• サンプル量が上記に満たない場合は結果の保証ができませんのでご了承ください。
• 組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA/RNA抽出をご参照ください。
• FFPE由来DNAの場合、0.2ug以上あれば解析が可能です。
  ただし、結果の保証が出来かねますので予めご了承ください。
  
  - 分解の進んだDNAではライブラリーが得られないことがあります。
  
  - ライブラリー調製ならびにシーケンスまで問題なく進んでも、データのカバレッジに偏りが出る場合や、データが全く得られない場合があります。

ChIP-Seq

• クロマチン免疫沈降(ChIP)後のサンプルをご用意ください。

次世代シーケンス（NGS）ライブラリ

• 調整済みシーケンスライブラリーは、qPCRで定量して上記の濃度・液量に調整してください。