デジタルPCR
特徴
Bio-Rad QX200デジタルPCRシステムは、限界希釈したサンプルをマイクロ流路技術により、微小区画（water-in-oilのドロップレット）に分散させてエンドポイントPCRを行います。希少変異解析やCNV (コピー数多型) の測定にご利用いただけます。
ターゲット遺伝子を含むドロップレットでは増幅シグナル（ポジティブ）とターゲット遺伝子を含まないドロップレット（ネガティブ）の微小区画をカウントし、サンプルの濃度を測定します。
ポジティブの数と微小区画の数をポワソン分布で補正することにより最終濃度を算出します。
Bio-Rad QX200デジタルPCRシステムは加水分解プローブと二本鎖DNAにインターカレートするEvaGreen色素のどちらでも測定することができます。
デジタルPCRの利点
- PCR増幅効率に左右されない
- 限界希釈を行うため、サンプル中のPCR阻害要因を軽減
- 飽和するまでの増幅により感度が高い
- 検量線を利用せずに定量可能
変異解析
GenomeDNAを用いて、希少変異解析を行います。
- Bio-Rad社 ddPCR Mutation Detection Assays
- ThermoFisher Scientific社 TaqMan SNP Genotyping Assays
- ThermoFisher Scientific社 TaqMan Drug Metabolism Genotyping Assays
CNV解析
GenomeDNAを用いて、コピー数多型解析を行います。
- Bio-Rad社 ddPCR Copy Number Assays
サービス概要
1.サンプルのクオリティチェック
2.ドロップレットの作成、PCR増幅
3.蛍光検出
3.データ解析
- サンプルのクオリティチェック（QC）を行います。
-
PCRマスターミックスとサンプル混合を調整し、専用オイルを用いてドロップレットを作成します。
サーマルサイクラーによりエンドポイントまで目的産物のPCRをおこないます。 - PCR終了後、専用のReader(QX200)にセットし、シースフローにより一つ一つのドロップレットを流路内に移動させ、ポジティブドロップレットとネガティブドロップレットの数をカウントします。
- ポアソン分布にあてはめることにより、サンプルの濃度を測定します。
ddPCR Assays(Bio-Rad社) 、TaqMan Assays(Thermo Fisher Scientific社)またはLBx Probe（理研ジェネシス社）に対応しています。
もしくは、お手持ちのddPCR対応のプローブをご提供ください。
データ解析
デジタルPCRではサンプルの単位容量あたりにターゲット遺伝子が何コピー 存在するかを算出しますが、限界希釈であっても微小区画あたりの断片数 が1以上になる場合があります。 これを補正するため、ポジティブの数と微小区画の数をポアソン分布にあてはめて最終濃度を算出します。この補正は微小区画数が多いほど精度が高くなり、ばらつきをおさえるには1サンプルあたり10,000区画以上が必要とされています。
ポアソン分布は独立した事象の発生確率が一定の分布を示すことにもとづ いていますが、デジタルPCRで考えるとこのようになります。
サンプル中のターゲット遺伝子コピー数が多くなるほど、複数個のターゲッ トを含む微小区画も増加するので、これをポアソン分布で補正してコピー 数を算出します。
納品物
-
サンプルQC結果
DNAimages (ゲル電気泳動波形画像)
SampleData（サンプル濃度情報） -
RawData
QX200 Droplet Reader エクスポートデータ - 解析結果（コピー数測定結果表 等）
納期
サンプルQC通過後、2か月程度
（正式なご注文後に試薬をメーカーに発注します。試薬の納期によって変動する可能性があります）。
サンプルについて
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