アレイCGH解析
特徴
Agilent Technologies社のマイクロアレイを用いたDNAのコピー数変化解析です。
CGH (Comparative Genomic Hybridization )は分子細胞遺伝学的手法です。
アジレントのCGH マイクロアレイは、全染色体にわたり網羅的にDNA コピー数の変化をプロファイリングできる高解像度ツールです。
既知の遺伝子、プロモーター、miRNA、偽常染色体領域、およびテロメア領域を中心に、実験的に検証を行ったプローブでゲノム全体を包括的にカバーしています。
ゲノムのコピー数変化も、loss of heterozygosity (LOH) や片親性ダイソミー (UPD) も検出可能なCGH+SNP マイクロアレイもございます。 コピー数多型は表現型に与える影響が大きい知見があり、がんや染色体異常など疾患との関連など注目されています。
また、再生医療分野で継代による染色体の変化についても使用されており、専用に開発したC3チェックサービスがございます。
サービス概要
1. サンプルのクオリティチェック
2. ゲノムDNAのラベル化
3. aCGH実験
4. データ解析
- サンプルのクオリティチェックを行います。
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サンプルの調整
制限酵素を用いてゲノムDNAを断片化します。Random PrimerとExo-Klenow Fragmentを用いて断片化したゲノムDNAの相補鎖を合成します。SureTag DNA Labeling Kitを用いてリファレンスサンプルとテストサンプルをそれぞれCy3,Cy5ラベル化します。
- スキャナーにより蛍光の検出を行い蛍光強度を数値化してコピー数変化を生じたゲノム領域の検出を行います。
データ解析
1. 生データ
2. データの整形
3. コピー数変化領域の検出
4. 変化部位のリスト化、作図、アノテーションの付加
競合ハイブリダイゼーションより得られたテスト/リファレンスのそれぞれの蛍光強度（Cyanine 5/Cyanine3 比、Log2 値）と、その染色体位置情報をもとに、解析を行います。
Agilent Genomic Workbench ソフトウェアを使用しデータの可視化、およびADM-2アルゴリズムによるコピー数変化を生じたゲノム領域の検出を行います。
変異領域およびその領域に含まれる遺伝子のリスト化や実験結果を公共のデータベース（UCSCゲノムブラウザ）にリンクできるファイルも作成します。お客様のもとでさらに詳細なデータ表示が可能です。
サンプルについて
| 二本鎖ゲノムDNA量※1 | OD260/OD280 | 性状 | |
|---|---|---|---|
| ゲノムDNAサンプル | 2μg以上 | 1.8-2.0 | 分解が進んでいないこと |
※1マイクロアレイフォーマットや比較組み合わせのご要望により必要な二本鎖ゲノムDNA量が異なります。
- DNA はRNase 処理を行い、RNA のコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
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生物種によりマイクロアレイフォーマットが異なります。 アジレント・テクノロジーホームページをご覧ください。
URL：http://www.chem-agilent.com/contents.php?id=494#Cat-1346 - その他サンプルに関する注意事項はサンプルの送付方法をご参照ください。
納品物
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サンプルQC結果（品質検査結果）
Genome DNA images（ゲル電気泳動波形画像）
Sample Data（サンプル濃度情報） -
アレイ実験生データ
Raw Data（数値データ）
QCreport（アレイ実験終了品質検査結果）
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解析結果
AberrationList（遺伝子数異常のリスト）
GenomeView（染色体全体の画像図）
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解析書（アレイ実験・解析の説明書）
※ USBメモリ、DVD等の記憶媒体もしくはクラウド経由で納品します。
全染色体の Gain/Loss イメージ図
納期
サンプルQC通過後、2か月程度(データ解析を含む場合は2.5か月程度)
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