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アジレント社製マイクロアレイ ゲノム構造解析 CGH/CNV

Agilent社製CGH及びCNVマイクロアレイを用いてゲノム構造解析を行ないます。
マイクロアレイを用いたゲノム構造解析を行なうことで、従来の染色体をベースとしたCGH法では明らかにならなかった微細な領域(数Kb単位)のコピー数変化を捉えることができます。また、近年注目を浴びているCNV(Copy Number Variant)領域のコピー数変化を検出するサービスもご用意しております。

実験概要

CGH解析
CGH解析では、繰り返し配列を認識する2種類の制限酵素(AluⅠ, RsaⅠ)を用いてゲノムDNAを断片化します。Random PrimerとExo-Klenew Flagmentを用いて断片化したゲノムDNAの相補鎖を合成します。合成の際に、コントロールサンプルにはCyanine3-dUTPを、テストサンプルにはCyanine5-dUTPを加えることによって、DNA断片をラベル化します。調製したターゲットはDNAオリゴプローブをAgilent社独自の技術で高密度にスポットされたマイクロアレイに競合ハイブリダイゼーションさせて蛍光を検出します。
CNV法
CNV解析では、熱変性によってゲノムDNAを断片化し、Universal Linkage System(ULS™)を用いてコントロールサンプルをCyanine3で、テストサンプルをCyanine5でラベル化します。ラベル化したゲノムDNA断片はDNAオリゴプローブをAgilent社独自の技術で高密度にスポットされたマイクロアレイに競合ハイブリダイゼーションさせて蛍光を検出します。

対応生物種

CGH用マイクロアレイ
CGHフォーマット1アレイあたりの搭載プローブ解像度(median)
Human1x1M(1アレイ/チップ)974,000プローブ以上2.1Kb
2x400K(2アレイ/チップ)411,000プローブ以上5.3Kb
4x180K(4アレイ/チップ)170,000プローブ以上13.0Kb
8x60K(8アレイ/チップ)55,000プローブ以上41.5Kb
1x244K(1アレイ/チップ)236,000プローブ以上8.9Kb
2x105K(2アレイ/チップ)99,000プローブ以上21.7Kb
4x44K(4アレイ/チップ)43,000プローブ以上43.0Kb
Mouse1x1M(1アレイ/チップ)974,000プローブ以上2.1Kb
4x180K(4アレイ/チップ)170,000プローブ以上13.0Kb
1x244K(1アレイ/チップ)235,000プローブ以上7.8Kb
Rat1x1M(1アレイ/チップ)974,000プローブ以上2.1Kb
4x180K(4アレイ/チップ)170,000プローブ以上13.0Kb
CNV用マイクロアレイ
CNVフォーマット1アレイあたりの搭載プローブ解像度(median)
Human2x400K(2アレイ/チップ)412,000プローブ以上1.0Kb(in CNVs)

※その他生物種につきましては、アジレント・テクノロジー社サイトにてご確認ください。
アジレント・テクノロジー社サイト

納期・納品物

納期

納品時期はサービス内容により異なりますが、目安として以下のスケジュールとなります。

実験
サンプルクオリティチェックが終了してから通常約3週間後に納品いたします。
※相乗りサービスは別途お問合せください。
解析
解析の手法により納期が異なります。別途お問合せください。
実験+解析
実験と統計解析を合わせてご依頼いただく場合、サンプルクオリティチェックが終了してから通常約4週間後に納品いたします。
※ 「その他オプション」をお申込みいただいている場合は、上記日数にオプションの作業日数が加わります。
※ 解析の手法により納期が異なります。
※相乗りサービスは別途お問合せください。

納品物

実験結果(CD-ROMまたはDVD)
解説書PDF
サンプル品質検定結果EXCEL、PDF
マイクロアレイ読み取り結果(生データ)JPG、PDF、TEXT、
コピー数変化領域及び遺伝子リスト*EXCEL

*生データのみのご依頼の場合、コピー数変化領域及び遺伝子リストは含まれません。

サンプル送付について

マイクロアレイ
フォーマット
ゲノム
DNA量
サンプル濃度
(ng/μL)
OD260/OD280性状
aCGH-標準-4μg以上80ng/μL以上1.8-2.0分解が進んでいないこと
aCGH-微量サンプル-100ng以上10ng/μL以上1.8-2.0
  • 生物種によりマイクロアレイフォーマットが異なります。
    アジレント・テクノロジーホームページをご覧ください。
    URL: http://www.chem-agilent.com/contents.php?id=494#Cat-1346
  • 微量サンプルについては、WGA 法によるゲノム DNA 増幅も承っております。
  • サンプルはNuclease Free Waterに溶解し、冷蔵状態でご送付ください。TEバッファなどのEDTAを含むバッファに溶解した場合、データが取得できない可能性があります。
  • サンプルは冷蔵便にて冷蔵状態(4℃)でお送りください。ただし、冷凍状態で保管されている場合は、冷凍便(冷凍状態)にてお送り下さい。
  • 分解が進んだサンプルでは、正確なデータが得られない可能性があるため、事前に分解がないことを確認していただく必要があります。電気泳動写真(またはコピー)を添付してください。
  • 分解が進んだサンプルでの解析をご希望の場合は、必ず予めご相談下さい。
  • サンプル量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが、必ず予めご相談ください。

サンプル送付についての詳細は、GenomeDNAサンプルの送り方および下記「マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書」ダウンロードファイルに含まれている「サンプル送付要件.pdf」をご参照ください。

受託サービスご依頼方法

サービスのお申込みは、お電話・E-mailにて承っております。

お申し込み後、受託サービス依頼書をダウンロードいただき必要事項をご記入のうえ、依頼書に記入された弊社E-mailアドレス宛に添付してご送付ください。

※サービスのお申込みに際しましては、弊社の個人情報取り扱いについてご一読いただき、ご同意の上お申込みください。

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