Agilent社製CGH及びCNVマイクロアレイを用いてゲノム構造解析を行ないます。
マイクロアレイを用いたゲノム構造解析を行なうことで、従来の染色体をベースとしたCGH法では明らかにならなかった微細な領域(数Kb単位)のコピー数変化を捉えることができます。また、近年注目を浴びているCNV(Copy Number Variant)領域のコピー数変化を検出するサービスもご用意しております。
実験概要
- CGH解析
- CGH解析では、繰り返し配列を認識する2種類の制限酵素(AluⅠ, RsaⅠ)を用いてゲノムDNAを断片化します。Random PrimerとExo-Klenew Flagmentを用いて断片化したゲノムDNAの相補鎖を合成します。合成の際に、コントロールサンプルにはCyanine3-dUTPを、テストサンプルにはCyanine5-dUTPを加えることによって、DNA断片をラベル化します。調製したターゲットはDNAオリゴプローブをAgilent社独自の技術で高密度にスポットされたマイクロアレイに競合ハイブリダイゼーションさせて蛍光を検出します。
- CNV法
- CNV解析では、熱変性によってゲノムDNAを断片化し、Universal Linkage System（ULS™）を用いてコントロールサンプルをCyanine3で、テストサンプルをCyanine5でラベル化します。ラベル化したゲノムDNA断片はDNAオリゴプローブをAgilent社独自の技術で高密度にスポットされたマイクロアレイに競合ハイブリダイゼーションさせて蛍光を検出します。
対応生物種
CGH用マイクロアレイ
CNV用マイクロアレイ
| CGH | フォーマット | 1アレイあたりの搭載プローブ | 解像度(median) |
|---|---|---|---|
| Human | 1x1M（1アレイ/チップ） | 974,000プローブ以上 | 2.1Kb |
| 2x400K（2アレイ/チップ） | 411,000プローブ以上 | 5.3Kb | |
| 4x180K（4アレイ/チップ） | 170,000プローブ以上 | 13.0Kb | |
| 8x60K（8アレイ/チップ） | 55,000プローブ以上 | 41.5Kb | |
| 1x244K（1アレイ/チップ） | 236,000プローブ以上 | 8.9Kb | |
| 2x105K（2アレイ/チップ） | 99,000プローブ以上 | 21.7Kb | |
| 4x44K（4アレイ/チップ） | 43,000プローブ以上 | 43.0Kb | |
| Mouse | 1x244K（1アレイ/チップ） | 235,000プローブ以上 | 7.8Kb |
| 2x105K（2アレイ/チップ） | 98,000プローブ以上 | 19.3Kb | |
| 4x44K（4アレイ/チップ） | 43,000プローブ以上 | 22.3Kb | |
| Rat | 1x244K（1アレイ/チップ） | 235,000プローブ以上 | 7.9Kb |
| 2x105K（2アレイ/チップ） | 97,000プローブ以上 | 19.1Kb | |
| Chicken | 1x244K（1アレイ/チップ） | 235,000プローブ以上 | 4.0Kb |
| CNV | フォーマット | 1アレイあたりの搭載プローブ | 解像度(median) |
|---|---|---|---|
| Human | 2x400K（2アレイ/チップ） | 412,000プローブ以上 | 1.0Kb（in CNVs） |
お届けするもの
| 実験結果（CD-ROMまたはDVD） | |
|---|---|
| 解説書 | |
| サンプル品質検定結果 | EXCEL、PDF |
| マイクロアレイ読み取り結果（生データ） | JPG、PDF、TEXT、 |
| コピー数変化領域及び遺伝子リスト* | EXCEL |
*生データのみのご依頼の場合、コピー数変化領域及び
遺伝子リストは含まれません。
関連ページ
サンプル送付について
| サンプル量 | サンプル濃度（ng/μｌ） | OD260/OD280 | OD260/OD230 | 性状 | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| aCGH-標準- | 1M 244K | 7μg以上 | 150 ng/μL以上 | 1.8-2.0 | 1.0以上 | 分解が進んでいないこと |
| 2x400K | 4μg以上 | 80ng/μL以上 | ||||
| 8x60K | 1.5μg以上 | 50 ng/μL以上 | ||||
| aCGH-標準- FFPE | 1M 244K | 7μg以上 | 150 ng/μL以上 | 1.8-2.0 | 2.0以上 | |
| 2x400K, 2x105K, 4x180K, 4x44K | 4μg以上 | 80ng/μL以上 | ||||
| 8x60K | 1.5μg以上 | 50ng/μL以上 | ||||
| aCGH-微量サンプル- | 10ng以上 | 1ng/μL以上 | 1.8-2.0 | 1.0以上 | ||
| aCGH-微量サンプル-FFPE | 100ng以上 | 10ng/μL以上 | 1.8-2.0 | 1.0以上 | ||
- サンプルはNuclease Free Waterに溶解し、冷蔵状態でご送付ください。TEバッファなどのEDTAを含むバッファに溶解した場合、データが取得できない可能性があります。
- サンプルは冷蔵便にて冷蔵状態（4℃）でお送りください。ただし、冷凍状態で保管されている場合は、冷凍便（冷凍状態）にてお送り下さい。
- 分解が進んだサンプルでは、正確なデータが得られない可能性があるため、事前に分解がないことを確認していただく必要があります。電気泳動写真（またはコピー）を添付してください。
- 分解が進んだサンプルでの解析をご希望の場合は、必ず予めご相談下さい。
- サンプル量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが、必ず予めご相談ください。
サンプル送付についての詳細は、GenomeDNAサンプルの送り方および下記「マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書」ダウンロードファイルに含まれている「サンプル送付要件.pdf」をご参照ください。