受託サービス

アジレント社製マイクロアレイ　ゲノム構造解析　CGH/CNV

Agilent社製CGH及びCNVマイクロアレイを用いてゲノム構造解析を行ないます。
マイクロアレイを用いたゲノム構造解析を行なうことで、従来の染色体をベースとしたCGH法では明らかにならなかった微細な領域(数Kb単位)のコピー数変化を捉えることができます。また、近年注目を浴びているCNV(Copy Number Variant)領域のコピー数変化を検出するサービスもご用意しております。

実験概要

CGH解析: CGH解析では、繰り返し配列を認識する2種類の制限酵素(AluⅠ, RsaⅠ)を用いてゲノムDNAを断片化します。Random PrimerとExo-Klenew Flagmentを用いて断片化したゲノムDNAの相補鎖を合成します。合成の際に、コントロールサンプルにはCyanine3-dUTPを、テストサンプルにはCyanine5-dUTPを加えることによって、DNA断片をラベル化します。調製したターゲットはDNAオリゴプローブをAgilent社独自の技術で高密度にスポットされたマイクロアレイに競合ハイブリダイゼーションさせて蛍光を検出します。
CNV法: CNV解析では、熱変性によってゲノムDNAを断片化し、Universal Linkage System（ULS™）を用いてコントロールサンプルをCyanine3で、テストサンプルをCyanine5でラベル化します。ラベル化したゲノムDNA断片はDNAオリゴプローブをAgilent社独自の技術で高密度にスポットされたマイクロアレイに競合ハイブリダイゼーションさせて蛍光を検出します。

対応生物種

CGH用マイクロアレイ

CGH	フォーマット	1アレイあたりの搭載プローブ	解像度(median)
Human	1x1M（1アレイ/チップ）	974,000プローブ以上	2.1Kb
	2x400K（2アレイ/チップ）	411,000プローブ以上	5.3Kb
	4x180K（4アレイ/チップ）	170,000プローブ以上	13.0Kb
	8x60K（8アレイ/チップ）	55,000プローブ以上	41.5Kb
	1x244K（1アレイ/チップ）	236,000プローブ以上	8.9Kb
	2x105K（2アレイ/チップ）	99,000プローブ以上	21.7Kb
	4x44K（4アレイ/チップ）	43,000プローブ以上	43.0Kb
Mouse	1x1M（1アレイ/チップ）	974,000プローブ以上	2.1Kb
	4x180K（4アレイ/チップ）	170,000プローブ以上	13.0Kb
	1x244K（1アレイ/チップ）	235,000プローブ以上	7.8Kb
Rat	1x1M（1アレイ/チップ）	974,000プローブ以上	2.1Kb
Rat	4x180K（4アレイ/チップ）	170,000プローブ以上	13.0Kb

CNV用マイクロアレイ

CNV	フォーマット	1アレイあたりの搭載プローブ	解像度(median)
Human	2x400K（2アレイ/チップ）	412,000プローブ以上	1.0Kb（in CNVs）

※その他生物種につきましては、アジレント・テクノロジー社サイトにてご確認ください。
アジレント・テクノロジー社サイト

納期・納品物

納期

納品時期はサービス内容により異なりますが、目安として以下のスケジュールとなります。

実験: サンプルクオリティチェックが終了してから通常約3週間後に納品いたします。; ※相乗りサービスは別途お問合せください。

解析: 解析の手法により納期が異なります。別途お問合せください。

実験＋解析: 実験と統計解析を合わせてご依頼いただく場合、サンプルクオリティチェックが終了してから通常約4週間後に納品いたします。; ※ 「その他オプション」をお申込みいただいている場合は、上記日数にオプションの作業日数が加わります。; ※ 解析の手法により納期が異なります。; ※相乗りサービスは別途お問合せください。

納品物

実験結果（CD-ROMまたはDVD）
解説書	PDF
サンプル品質検定結果	EXCEL、PDF
マイクロアレイ読み取り結果（生データ）	JPG、PDF、TEXT、
コピー数変化領域及び遺伝子リスト*	EXCEL

サンプル送付について

マイクロアレイフォーマット	ゲノム DNA量	サンプル濃度（ng/μL）	OD260/OD280	性状
aCGH-標準-	4μg以上	80ng/μL以上	1.8-2.0	分解が進んでいないこと
aCGH-微量サンプル-	100ng以上	10ng/μL以上	1.8-2.0

●生物種によりマイクロアレイフォーマットが異なります。
アジレント・テクノロジーホームページをご覧ください。
URL： http://www.chem-agilent.com/contents.php?id=494#Cat-1346
●微量サンプルについては、WGA 法によるゲノム DNA 増幅も承っております。
●サンプルはNuclease Free Waterに溶解し、冷蔵状態でご送付ください。TEバッファなどのEDTAを含むバッファに溶解した場合、データが取得できない可能性があります。
●サンプルは冷蔵便にて冷蔵状態（4℃）でお送りください。ただし、冷凍状態で保管されている場合は、冷凍便（冷凍状態）にてお送り下さい。
●分解が進んだサンプルでは、正確なデータが得られない可能性があるため、事前に分解がないことを確認していただく必要があります。電気泳動写真（またはコピー）を添付してください。
●分解が進んだサンプルでの解析をご希望の場合は、必ず予めご相談下さい。
●サンプル量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが、必ず予めご相談ください。

サンプル送付についての詳細は、GenomeDNAサンプルの送り方および下記「マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書」ダウンロードファイルに含まれている「サンプル送付要件.pdf」をご参照ください。

受託サービスご依頼方法

サービスのお申込みは、お電話・E-mailにて承っております。

お申し込み後、受託サービス依頼書をダウンロードいただき必要事項をご記入のうえ、依頼書に記入された弊社E-mailアドレス宛に添付してご送付ください。

※サービスのお申込みに際しましては、弊社の個人情報取り扱いについてご一読いただき、ご同意の上お申込みください。