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がんエクソーム解析

腫瘍組織は正常と腫瘍の細胞が混在し、異質混合性の状態となっています。 このため、腫瘍と正常組織のペアでシーケンス解析を実施し、正常組織に元々存在する変異と区別して、 体細胞変異検出を行う必要があります。 また、精度の高い体細胞変異検出を行うためには、極めて高いシーケンス深度 (同じ塩基を読む回数) が必要になります。 弊社では100倍以上を推奨しています。

解析の流れ

解析の流れ

バイオインフォマティクス解析

  • 腫瘍‐正常のペアサンプルからの体細胞変異検出 (SNV, InDel)
  • 変異の効果予測 (アミノ酸置換やフレームシフト等) とアノテーショ ン (遺伝子名やID等) の付与
  • HapMap (dbSNP) の日本人アレル頻度情報と1000人ゲノムプロジェクトの東アジア人 (日本人+中国人) アレル頻度情報等の付与
  • タンパク質にインパクトを与える変異とアレル頻度情報による変異の絞り込み
  • アミノ酸置換変異とフレームシフト変異のタンパク質への影響予測
  • 京都大学HGVDの日本人1,208名分のアレル頻度情報の付与

納品物例

納品物例・体細胞変異検出 (SNV, InDel) 結果 (エクセル)
体細胞変異検出 (SNV, InDel) 結果 (エクセル)

納品物例・複数ペアサンプル間の比較解析結果 (オプショナル解析)
複数ペアサンプル間の比較解析結果 (オプショナル解析)

サンプル送付について

DNA量濃度OD260/280OD260/230性状
10μg以上100 ng/μL以上1.51.0以上分解が進んでいないこと
  • サンプルはNuclease Free Waterに溶解し、ご送付ください。TEバッファなどのEDTAを含むバッファに溶解した場合、データが取得できない可能性があります。
  • サンプルは、冷凍便(冷凍状態)にてお送り下さい。
  • 分解が進んだサンプルでは、正確なデータが得られない可能性があるため、事前に分解がないことを確認していただく必要があります。電気泳動写真(またはコピー)を添付してください。
  • 分解が進んだサンプルでの解析をご希望の場合は、必ず予めご相談下さい。
  • サンプル量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが、必ず予めご相談ください。

お問い合わせ

受託サービスに関するお問い合わせは、お問い合わせフォームまたは下記窓口にご連絡ください。

技術サポートセンター(平日9:30~17:30)
TEL:03-5777-1688FAX:03-5777-1689
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