受託サービス

実験計画のお手伝いから、実験、統計解析、論文用図作成など専門のスタッフが細やかにサポートいたします。 DNAチップ研究所にはマイクロアレイを用いた研究開発で培った豊富な経験とノウハウがあります。

バイオマーカー探索

バイオマーカーは、疾患の有無や活動性を反映するタンパク質等の生体分子を示す用語として用いられてきました。現在では、生体から発するあらゆる情報がバイオマーカーとして用いられる可能性を秘めています。例えば、遺伝子発現解析を用いて分子バイオマーカーの探索を行うこともできます。
学習セットと前向き試験セット(テストセット)の遺伝子発現マイクロアレイデータを用意し、学習セットを用いて、ある事象を判別するマーカー遺伝子を抽出します。その後、Weighted Vote法などで前向き試験セットを対象に予測を行います。

バイオマーカー探索の流れ

 マーカー探索、判別分析を目的とした統計解析の受託サービスは、マイクロアレイ受託実験メニューとセット、またはお手持ちのマイクロアレイデータでご依頼いただけます。
  • 全発現データを用いて非階層型クラスタリングを実施し、サンプルグループ間での実験の系統誤差等によるBatch effectが存在するか、あるいは性別、年齢等で遺伝子発現プロファイルに違いがあるかどうかを検証します。
  • バイオマーカーを抽出し、判別分析を実施するためには、正確なサンプル情報に基づいた分類が必要となります。
  • 学習セットを最適な群に分けた後(通常2群を想定しています)、群間で差のある遺伝子を統計的検定(マン・ホイットニーのUテスト等)で評価し、バイオマーカー候補を抽出します。
  • 抽出したバイオマーカー候補遺伝子を用いて統計的に有意な順にバイオマーカーセットを増やし、学習セットのサンプルで、後ろ向きにWeighted Vote法などで判別分析を実施します。
  • 後ろ向きの判別分析において最高のパフォーマンスを示すバイオマーカーセットを正診率(Accuracy)やMCC(Matthews correlation coefficient)で評価し、最適なバイオマーカーセットを決定します。
  • 抽出したバイオマーカーセットを用いて、学習セットとは異なる前向き試験セットにて判別分析を行いバイオマーカーセットの有用性を評価します。
  • 前向き試験セットの判別分析(Weighted Vote法)で用いたマーカーセットのパフォーマンスを他のアルゴリズムで検証します。
  • 全てのアルゴリズムの結果から、今後未知のサンプルに対して最適なアルゴリズムは何か、あるいは数種類のアルゴリズムを用い、各判別結果の多数決を使用するのかを評価します。

注意

 上記の手順を実施するには、学習セットおよび前向き試験セット、それぞれ数十サンプル以上は必要となります。サンプル数が少ない場合にも、それに従った解析手法がありますのでご相談ください。

お届けするもの

実験結果(CD-ROMまたはDVD)
解説書PDF
実験解析結果報告書PDF
データQC(データのクオリティの評価、非階層的クラスタリングなど)PDF
バイオマーカー候補 遺伝子リストGeneList(EXCEL)
正診率まとめAccuracy(EXCEL)

マイクロアレイ実験解析受託サービスご依頼方法

サービスのご依頼は、E-mail・電話・Faxで承っております。
マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書をダウンロードの上、下記のいづれかの方法にてお申込みください。
※弊社の個人情報取扱いについては、個人情報保護についてにご同意ください。

マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書 ダウンロード
 
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E-mailでのサービスのお申込みは、マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書の注意事項および 免責事項をよく読んで、「依頼書」および「サンプルリスト」に必要事項を記入の上、依頼書に記入された弊社E-mailアドレスに 添付してご送付ください。
■電話・FAXでのお申込み
FAXでサービスをお申込みいただく場合は、マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書の注意事項および 免責事項をよく読んで、「依頼書」および「サンプルリスト」に必要事項を記入の上、弊社FAX番号宛ご送信ください。

お問い合わせ

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技術サポートセンター(平日9:30~17:30)
TEL:03-5777-1688FAX:03-5777-1689
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