受託サービス

Network解析

Agilent社がPubMedから自然言語処理(NLP:Natural Language Processing)で収集した相互作用情報を利用して、発現変動遺伝子リスト内でのネットワーク構築を行います。* 一度に解析可能な遺伝子リストは1000遺伝子まで。

遺伝子発現データとネットワーク情報を統合することでデータの信頼性・機能解釈の幅が広がります。

ネットワーク解析イメージ

Network解析の有用性

  • 相互作用する化合物の探索
  • 転写因子の探索
  • 修飾タンパク質のターゲット探索
  • 生体プロセスや機能の探索
発現データだけでは得られない、一歩踏み込んだアノテーションを得ることができます。

ネットワークイメージ

Entity の種類
  • Complex(タンパク質が物理的に結合した複合体)
  • Enzyme
  • Family(タンパク群)
  • Function(DNA Binding)
  • Process(Apoptosis)
  • Protein
  • SmallMolecules
Relation の種類
  • Binding(物理的な結合)
  • Expression(mRNA、Proteinを量的に変化させる相互作用)
  • Metabolism(低分子化合物を代謝する相互作用)
  • PromoterBinding(Promoter領域への物理的な結合)
  • ProteinModification(リン酸化、脱リン酸化など)
  • Regulation
  • Transport

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