About
ナノポアシーケンス解析
サービスについて
ロングリードが可能にする、
多面的なゲノム解析
DNAチップ研究所では、ナノポアシーケンスによるヒト全ゲノム解析サービスを提供しています。ナノポアシーケンスは、DNAを長く読み取るロングリード解析技術です。配列情報とメチル化情報を同時に取得することで、従来は別々に実施していた全ゲノム解析とメチル化解析を、1回のシーケンスデータから多面的に評価できる点が特長です。 これにより、解析ごとにサンプル準備や実験工程を分ける負担を軽減し、効率的にゲノム変異とメチル化情報をあわせて検討できます。ショートリード解析では捉えにくい構造変異や複雑な領域の解析にも活用でき、研究目的に応じた多面的なデータの取得をサポートします。
高分子gDNAを活かす、ナノポア解析環境
解析には、Oxford Nanopore Technologies社のPromethION 2 IntegratedとLigation sequencing kit v14を使用。抽出済み高分子gDNAをもとに、サンプル品質確認、ライブラリ調製、シーケンス・情報解析まで一連の工程に対応しています。
Service
サービス概要
| 対象 | ヒトゲノム |
|---|---|
| 基本仕様 | 1Flow cell-single plex |
| データ量 （Gb＝Genome size×coverage） |
90Gb以上（3Gb×30coverage以上）／72h |
| 納期 | サンプルQC通過後 2〜2.5か月 |
| 抽出 | 応相談 |
| 使用キット | Ligation sequencing kit v14 |
| 使用機種 | PromethION 2 Integrated |
| 対応解析 | SNV／SV／STR／CNV／Methylation |
※解析目的やサンプル条件に応じて、抽出、解析内容、短納期対応についてもご相談いただけます。
サンプルの流れ
解析には、Oxford Nanopore Technologies社のPromethION 2 IntegratedとLigation sequencing kit v14を使用。抽出済み高分子gDNAをもとに、サンプル品質確認、ライブラリ調製、シーケンス・情報解析まで一連の工程に対応しています。
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サンプル品質確認
抽出済み高分子gDNAの品質を確認し、
シーケンスに適したサンプルかを
評価します。主な条件
- 抽出済み高分子gDNA（DIN＞7）
- TE buffer等に溶解（EDTA＜10ｍM）
- 2μg以上/100μL
-
ライブラリ調製
確認したサンプルをもとに、
Ligation sequencing kit v14を用いて
ライブラリを調製します。主な条件
- Size selection by SFE ※オプション
- Fragmentation ※オプション
- End Prep
- Adapter Ligation
-
シーケンス・情報解析
PromethION 2 Integrated でシーケンスを行い、
取得したデータを解析します。主な解析
- アライメント
- 変異／修飾塩基検出
対象：SNV／SV／STR／CNV／Methylation
主な納品物
- EPI2ME report
- BAM, CRAM, Fastq, VCF fileのうち
必要なファイル - メチル基修飾塩基検出report
Flow
ご依頼方法
