2012年5月10日
NGS現場の会 第2回研究会に出展・ポスター発表を行います

■ NGS現場の会 第2回研究会に出展・ポスター発表を行います。

http://ngs-field.org/

会期: 2012年5月23日(水)~25日(金)
会場: ホテル阪急エキスポパーク  [本館B1F] 多目的ホール(オービットホール)
〒565-0826 大阪府吹田市千里万博公園1-5

【企業展示ブース】
ブースでは次世代シーケンス解析の受託サービスのご紹介をいたします。
エキソーム解析, SNP/INDEL検出, mRNA発現解析, メチレーション解析などお気軽にご相談下さい。

その他、DNAマイクロアレイ、リアルタイムPCRなどの受託解析についてもご紹介いたします。
ぜひお立ち寄りください。

【ポスター発表】
2012年5月24日(木)15:30-18:30

演題名: イルミナ社HiSeqランにおけるMeDIP、hMeDIPサンプル調整の最適化
発表者: 伊東紀子 (株式会社DNAチップ研究所)

<要旨>
現在イルミナ社が販売しているChIP-Seq Sample Prep Kitは、旧アダプターのままバージョンアップされずシングルエンドでマルチプレックスには対応していない。Genome AnalyzerⅡxでは1レーン1サンプルのラン で十分だったリード数もHiSeqでは約4倍のスループットとなりマルチプレックス対応が望ましい。我々はMeDIP、hMeDIPサンプルにTruSeq DNA Sample Prep Kitのアダプターを付加しマルチプレックスラン を可能にした。検討実験の過程と最終プロトコルについて報告する。

演題名: 同一サンプルでSureSelect 50mbとTruSeq 62mbでエクソーム解析を行い、SNVの一致度を調べてみた
発表者: 喜久川 真悟 (株式会社DNAチップ研究所)

<要旨>
4種類の同一サンプルで、Agilent SureSelect all exon 50mb kitと illumina TruSeq exome enrichment kit (62mb) でエクソーム解析を行い、SNVの一致度を調べてみた。シーケンスはillumina HiSeq1000、SNVのコールはGATKで行った。この結果、SureSelect側では 55%程度、TruSeq側では45%程度の一致率となり、意外にも低い一致率となった。次にSureSelectとTruSeqでのエクソームターゲット領域の一致度について調べてみたところ、33.5mbの領域 (SureSelect: 65%、TruSeq: 45%) で一致し た。TruSeqはエクソーム+UTR領域をカバーしていると考えられるが、UTR以外でもSureSelectとTruSeqのカバー領域は異なるようである。一致した領域のみでSNVの一致度を調べたところ、SureSelectとTruSeq の両方で96%程度と高い一致率となっ た。別データとなるがSureSelectを用いて、同一サンプルをillumina GAIIxのLane1とLane2に掛けた際のSNVの一致度を見てみると95%程度の一致率となっている。