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miRNA発現解析

アジレント社製マイクロアレイ miRNA発現解析

本受託解析は、アジレント社のマイクロアレイを使用したmiRNA解析のトータルサービスです。

実験概要

Total RNAを脱リン酸化・熱変性し、 Cyanine3でラベル化されたCTPを含むT4 RNA ライゲース反応液で蛍光ラベル化されたmiRNA を合成します。

合成したラベル化miRNAはDNAオリゴプローブをAgilent社独自のプローブ設計により網羅的で正確な検出ができるマイクロアレイにハイブリダイゼーションさせて蛍光を検出します。

実験イメージ
プローブ設計
プローブは、Linker配列、標的のmiRNAに相補的な配列、ヘアピンキャップ構造の配列の3つから成ります。このヘアピンキャップ構造によりmiRNAの長さを選択することができ、matureなmiRNA のみをハイブリダイゼーションすることができます。 また、各miRNAにつき1~4種類のプローブをデザインし、10~20ずつ繰り返しスポットされております。
詳細は、Agilent Technologies社の論文をご参照ください
http://www.rnajournal.org/cgi/content/short/rna.234507v1
※クリックすると拡大します。
受託実験フロー

図中の黒い部分は、合成された配列である未修飾のマイクロアレイプローブ(黒)で、この部分が、ターゲットとなるmiRNA(赤)とハイブリダイゼーションにより結合します。プローブはスティルト(オリゴヌクレオチドで構成された足)(茶)によりガラススライド表面に固定されています。

hybridization sequenceの5‘末端にあるG残基(黒)は、miRNAの3’末端にラベリングにより導入されたC残基(黄)と相補的に結合します。このG-C対がプローブとターゲットの反応領域に加わることで、ターゲットとなるmiRNAが、他の相同なRNAよりもプローブに安定して結合します。また、すべてのプローブには、プローブとターゲットの反応領域に隣接して5‘末端ヘアピン(青)が付加されており、miRNAのサイズに対する特異性を高めています。

B. 安定性が高すぎるため最適化が必要なプローブでは、miRNAの5‘末端から塩基配列を除去することで、プローブとターゲットの安定性を調節しています。

対応生物種

miRNA マイクロアレイ
HumanMouseRat
※Gene ListとAnnotationはアジレントテクノロジー社サイトにてご確認ください。
アジレントテクノロジー社サイト

お届けするもの

実験結果(CD-ROMまたはDVD)
解説書PDF
サンプル品質検定結果EXCEL、JPG
マイクロアレイ読み取り結果(生データ)JPG、PDF、TEXT、
マトリックスデータ*EXCEL

*生データのみのご依頼の場合は含まれません。

サンプル送付について

Total RNA量濃度OD260/OD280OD260/OD230性状
500ng以上50ng/μL以上1.5以上1.0以上28s/18s : 1.8以上
RIN値 : 7以上

  • サンプルはmiRNAの濃縮・精製作業を行わず、Nuclease Free Waterに溶解し、冷凍状態でご送付ください。TEバッファなどのEDTAを含むバッファ に溶解した場合、データが取得できない可能性があります。
  • サンプルは必ず十分なドライアイスを同梱し、冷凍便で凍結状態でお送りください。
  • 分解が進んだRNAでは、正確なデータが得られない可能性があるため、事前に分解がないこと を確認していただく必要があります。(泳動写真を添付してください)
  • サンプル量が上記に満たない場合、必ず予めご相談ください。

サンプル送付についての詳細は、TotalRNA サンプルの送り方および「マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書(ZIP)」に含まれている「サンプル送付要件.pdf」をご参照ください。

マイクロアレイ実験解析受託サービスご依頼方法

サービスのご依頼は、E-mail・電話・Faxで承っております。
マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書をダウンロードの上、下記のいづれかの方法にてお申込みください。
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