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アジレント社製マイクロアレイ ゲノム構造解析 CGH/CNV

Agilent社製CGH及びCNVマイクロアレイを用いてゲノム構造解析を行ないます。
マイクロアレイを用いたゲノム構造解析を行なうことで、従来の染色体をベースとしたCGH法では明らかにならなかった微細な領域(数Kb単位)のコピー数変化を捉えることができます。また、近年注目を浴びているCNV(Copy Number Variant)領域のコピー数変化を検出するサービスもご用意しております。

微量・微量FFPEサンプルの場合はこちら

実験概要

CGH解析
CGH解析では、繰り返し配列を認識する2種類の制限酵素(AluⅠ, RsaⅠ)を用いてゲノムDNAを断片化します。Random PrimerとExo-Klenew Flagmentを用いて断片化したゲノムDNAの相補鎖を合成します。合成の際に、コントロールサンプルにはCyanine3-dUTPを、テストサンプルにはCyanine5-dUTPを加えることによって、DNA断片をラベル化します。調製したターゲットはDNAオリゴプローブをAgilent社独自の技術で高密度にスポットされたマイクロアレイに競合ハイブリダイゼーションさせて蛍光を検出します。
CNV法
CNV解析では、熱変性によってゲノムDNAを断片化し、Universal Linkage System(ULS™)を用いてコントロールサンプルをCyanine3で、テストサンプルをCyanine5でラベル化します。ラベル化したゲノムDNA断片はDNAオリゴプローブをAgilent社独自の技術で高密度にスポットされたマイクロアレイに競合ハイブリダイゼーションさせて蛍光を検出します。

対応生物種

CGH用マイクロアレイ
CGHフォーマット1アレイあたりの搭載プローブ解像度(median)
Human1x1M(1アレイ/チップ)974,000プローブ以上2.1Kb
2x400K(2アレイ/チップ)411,000プローブ以上5.3Kb
4x180K(4アレイ/チップ)170,000プローブ以上13.0Kb
8x60K(8アレイ/チップ)55,000プローブ以上41.5Kb
1x244K(1アレイ/チップ)236,000プローブ以上8.9Kb
2x105K(2アレイ/チップ)99,000プローブ以上21.7Kb
4x44K(4アレイ/チップ)43,000プローブ以上43.0Kb
Mouse1x244K(1アレイ/チップ)235,000プローブ以上7.8Kb
2x105K(2アレイ/チップ)98,000プローブ以上19.3Kb
4x44K(4アレイ/チップ)43,000プローブ以上22.3Kb
Rat1x244K(1アレイ/チップ)235,000プローブ以上7.9Kb
2x105K(2アレイ/チップ)97,000プローブ以上19.1Kb
Chicken1x244K(1アレイ/チップ)235,000プローブ以上4.0Kb
CNV用マイクロアレイ
CNVフォーマット1アレイあたりの搭載プローブ解像度(median)
Human2x400K(2アレイ/チップ)412,000プローブ以上1.0Kb(in CNVs)

お届けするもの

実験結果(CD-ROMまたはDVD)
解説書PDF
サンプル品質検定結果EXCEL、PDF
マイクロアレイ読み取り結果(生データ)JPG、PDF、TEXT、
コピー数変化領域及び遺伝子リスト*EXCEL

*生データのみのご依頼の場合、コピー数変化領域及び
遺伝子リストは含まれません。

サンプル送付について

サンプル量サンプル濃度(ng/μl)OD260/OD280OD260/OD230性状
aCGH-標準-1M 244K7μg以上150 ng/μL以上1.8-2.01.0以上分解が進んでいないこと
2x400K4μg以上80ng/μL以上
8x60K1.5μg以上50 ng/μL以上
aCGH-標準- FFPE1M 244K7μg以上150 ng/μL以上1.8-2.02.0以上
2x400K,
2x105K,
4x180K,
4x44K
4μg以上80ng/μL以上
8x60K1.5μg以上50ng/μL以上
aCGH-微量サンプル-10ng以上1ng/μL以上1.8-2.01.0以上
aCGH-微量サンプル-FFPE100ng以上10ng/μL以上1.8-2.01.0以上

  • サンプルはNuclease Free Waterに溶解し、冷蔵状態でご送付ください。TEバッファなどのEDTAを含むバッファに溶解した場合、データが取得できない可能性があります。
  • サンプルは冷蔵便にて冷蔵状態(4℃)でお送りください。ただし、冷凍状態で保管されている場合は、冷凍便(冷凍状態)にてお送り下さい。
  • 分解が進んだサンプルでは、正確なデータが得られない可能性があるため、事前に分解がないことを確認していただく必要があります。電気泳動写真(またはコピー)を添付してください。
  • 分解が進んだサンプルでの解析をご希望の場合は、必ず予めご相談下さい。
  • サンプル量が上記に満たない場合でも解析は可能ですが、必ず予めご相談ください。

サンプル送付についての詳細は、GenomeDNAサンプルの送り方および下記「マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書」ダウンロードファイルに含まれている「サンプル送付要件.pdf」をご参照ください。

マイクロアレイ実験解析受託サービスご依頼方法

サービスのご依頼は、E-mail・電話・Faxで承っております。
マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書をダウンロードの上、下記のいづれかの方法にてお申込みください。
※弊社の個人情報取扱いについては、個人情報保護についてにご同意ください。

マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書 ダウンロード
 
■E-mailでのお申込み
E-mailでのサービスのお申込みは、マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書の注意事項および 免責事項をよく読んで、「依頼書」および「サンプルリスト」に必要事項を記入の上、依頼書に記入された弊社E-mailアドレスに 添付してご送付ください。
■電話・FAXでのお申込み
FAXでサービスをお申込みいただく場合は、マイクロアレイ実験解析受託サービス依頼書の注意事項および 免責事項をよく読んで、「依頼書」および「サンプルリスト」に必要事項を記入の上、弊社FAX番号宛ご送信ください。

お問い合わせ

受託サービスに関するお問い合わせは、お問い合わせフォームまたは下記窓口にご連絡ください。

技術サポートセンター(平日9:30~17:30)
TEL:03-5777-1688FAX:03-5777-1689
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